Hola Andrés,
tal como lo ha escrito antes Mauricio, debes cambiar el modelo de propagación hidráulico. De seguro o estas trabajando con Onda Cinemática (Kinematic Wave) o con Flujo Permanente (Steady Flow) en SWMM 5, y estos métodos no permiten el cálculo cuando tienes dos o más conductos que "salen" desde un nodo; si cambias a Onda Dinámica (Dynamic Wave), de seguro que podrás hacer la simulación. Esto se cambia en el panel de navegación (ubicado al costado izquierdo), en Options y luego en General; allí verás deberás seleccionar, en la sección inferior derecha bajo el título de Routing Model, la opción Dynamic Wave.
Saludos,
Rodrigo Concha
Grupo de Investigación FLUMEN
Universitat Politècnica de Catalunya UPC
Barcelona