Hola Iker,
Te escribo como autor del programa, así que puedes descargar tus iras sobre mí ;-).
El programa sólo importa información procedente de las líneas (conductos) que pudieses tener dibujadas o representadas en el GIS. Inicialmente fue concebido para EPANET, en el que la información de los nudos rara vez está cartografiada. Esto lo digo sólo como información inicial.
En cuanto a la pregunta concreta, si sale un código de error en la ventana de texto que hay bajo el menú, me ayudaría a saber la causa. La primera causa que se me ocurre es que tengas configurado el ordenador para usar la coma como separador de decimales. Esta es una precaución que hay que tener cada vez que trabajas con SWMM y, por tanto, todas las extensiones derivadas también la incorporan.
Por último, el Lector SHP sólo interpreta archivos SHP con geometrías del tipo 'Polyline'. Si utilizas cualquier otra ('Point', 'Polygon', etc.) no funcionará.En cualquier caso, es un programa 'stand-alone'. Existe una versión 'plug-in' que aún no he liberado al presentar aún algún fallo.
Espero que este correo sirva de ayuda. Igualmente, agradecería que si no fuese así, incluyeses el archivo .LOG que genera el programa con la información de lo que ha ido haciendo y (posiblemente) información de dónde se produce el error.
Un saludo.