Új COVID-19 témájú tudományos cikkeket tartalmazó adatbázis, szövegbányászati eszköz

44 views
Skip to first unread message

Róbert PÉTER

unread,
Apr 14, 2020, 6:38:29 PM4/14/20
to suppress-covid19

Kedves Kollégák,


A figyelmetekbe szeretném ajánlani az AVOBMAT (Analysis and Visualization of Bibliographic Metadata and Texts) fejlesztés alatt lévő szövegbányászati eszközt, amelybe feltöltöttük az amerikai Allen Institute for Artificial Intelligence-ben létrehozott, folyamatosan bővülő COVID-19 Open Research Dataset nevű tudományos cikkeket tartalmazó adatbázist. Az utóbbi egyik előnye, hogy egy helyen érhető el az összes koronavírus kutatással kapcsolatos releváns és recens szakirodalom (többek között a PubMed, Elsevier, MedRxiv adatbázisaira épül). 

Az AVOBMAT-os verzió elérhető az alábbi linken keresztül:


https://avobmat.hu/covid-19/


Az adatbázis jelenleg 44220 cikk adatait (28462 teljes szöveg) tartalmazza, de hamarosan feltöltjük a legújabb (április 11) verziót 51045 cikkel és több mint 40000 teljes szöveggel. Ha van rá érdeklődés, szívesen jelzem az utóbbit és a jövőbeli frissítéseket ezen a fórumon. A honlapon a napokban elérhető lesz a kereső és elemző funkciókat bemutató rövid tájékoztató is.


Nyugodtan továbbítsátok a fenti üzenetet más koronavírust kutató kollégáknak is.    


Üdvözlettel,

Péter Róbert

peter....@gmail.com

unread,
Apr 14, 2020, 7:22:42 PM4/14/20
to suppress-covid19
Hatalmas lehetôség ez le kalappal, köszönjük.

Róbert PÉTER

unread,
Apr 23, 2020, 6:20:14 PM4/23/20
to suppress-covid19
Sziasztok!

Ezúton jelzem, hogy 9000 cikkel bővült az adatbázis, amely rengeteg pre-printet is tartalmaz. 

Az (FT:COVID-19 OR FT:COVID19) AND FT:PCR AND FT:pooling parancsoros keresésre van 19 db 2020-as találat. 
A zárójelben lévő részt a coronavirus-szal kiegészítve 23 db.

Ha az utóbbi lekérdezést az absztraktokra szűkítjük (FT helyett AB), akkor már csak 5 van az egyik Szapudi Istváné :-). 
  
Hátha valamelyik hasznos Nektek.

Csináltunk egy Help-et is: https://avobmat.hu/covid-help/

Kitartást és a legjobbakat kívánva,
Róbert

torok...@torokcsalad.hu

unread,
Apr 24, 2020, 8:38:06 AM4/24/20
to Suppress19
Szia Róbert,

Köszi! próbálgatom, és kerestem benne a gargle szóra, hogy az alternatív mintavételi eljárásokról cikkeket találjak - de nem találtam semmit, sőt, nem jöttek elő ezek sem:

mi lehet a gond?

Üdv,

Ákos


--
ÚJDONSÁG: a csoportban való _alkató_ részvétel esetén elfogadod az itt leírt értékrendet: https://sites.google.com/a/torokcsalad.hu/poroly/home
 
Ha csak olvasás céljából csatlakoztál a listához, akkor természetesen nincs ezzel dolgod, nem kell ezt elfogadni.
---
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "suppress-covid19" group.
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to suppress-covid19-p...@googlegroups.com.
To view this discussion on the web visit https://groups.google.com/d/msgid/suppress-covid19-pandemic/1418dd30-eb49-46e7-b276-0a96018b35a7%40googlegroups.com.

Róbert PÉTER

unread,
Apr 24, 2020, 10:17:30 AM4/24/20
to suppress-covid19
Szia Ákos,
Ha az Advanced search funkcióval a gargle szóra keresünk a teljes szövegben (Entire document), akkor 37 (4 db 2020-as), ha absztraktban (Abstract Note) akkor 4, ha pedig címre (Title), akkor 2 találatot kapunk. Bemásolok egy képernyő fotót a levél végére.
Az adatbázis tartalmát nem tudjuk sajnos befolyásolni, ezt az amerikai Allen Institute for Artificial Intelligence állítja össze hetente és mi csak ezt importáljuk innen:
Tudtommal messze ez a legnagyobb tudományos cikkeket tartalmazó COVID-19-es adatbázis (jelenleg 52000 cikkel). Kérlek javíts ki, ha tévedek.  
Egy technikai hiba miatt jelenleg az április 10-ei verzió van feltöltve az AVOBMAT-ba, de hamarosan felkerül az április 17-ei verzió is, amelyben 3000-rel több teljes szöveg lesz (összesen 41000).
Ha megírod milyen témájú cikkekkel bővítsék az adatbázist, szívesen továbbítom az Allen-es kutatóknak. 
Üdv,
Róbert

gargle.PNG



 

On Friday, April 24, 2020 at 2:38:06 PM UTC+2, Ákos Török wrote:
Szia Róbert,

Köszi! próbálgatom, és kerestem benne a gargle szóra, hogy az alternatív mintavételi eljárásokról cikkeket találjak - de nem találtam semmit, sőt, nem jöttek elő ezek sem:

mi lehet a gond?

Üdv,

Ákos


On Fri, 24 Apr 2020 at 00:20, Róbert PÉTER <rober...@ieas-szeged.hu> wrote:
Sziasztok!

Ezúton jelzem, hogy 9000 cikkel bővült az adatbázis, amely rengeteg pre-printet is tartalmaz. 

Az (FT:COVID-19 OR FT:COVID19) AND FT:PCR AND FT:pooling parancsoros keresésre van 19 db 2020-as találat. 
A zárójelben lévő részt a coronavirus-szal kiegészítve 23 db.

Ha az utóbbi lekérdezést az absztraktokra szűkítjük (FT helyett AB), akkor már csak 5 van az egyik Szapudi Istváné :-). 
  
Hátha valamelyik hasznos Nektek.

Csináltunk egy Help-et is: https://avobmat.hu/covid-help/

Kitartást és a legjobbakat kívánva,
Róbert


On Wednesday, April 15, 2020 at 12:38:29 AM UTC+2, Róbert PÉTER wrote:

Kedves Kollégák,


A figyelmetekbe szeretném ajánlani az AVOBMAT (Analysis and Visualization of Bibliographic Metadata and Texts) fejlesztés alatt lévő szövegbányászati eszközt, amelybe feltöltöttük az amerikai Allen Institute for Artificial Intelligence-ben létrehozott, folyamatosan bővülő COVID-19 Open Research Dataset nevű tudományos cikkeket tartalmazó adatbázist. Az utóbbi egyik előnye, hogy egy helyen érhető el az összes koronavírus kutatással kapcsolatos releváns és recens szakirodalom (többek között a PubMed, Elsevier, MedRxiv adatbázisaira épül). 

Az AVOBMAT-os verzió elérhető az alábbi linken keresztül:


https://avobmat.hu/covid-19/


Az adatbázis jelenleg 44220 cikk adatait (28462 teljes szöveg) tartalmazza, de hamarosan feltöltjük a legújabb (április 11) verziót 51045 cikkel és több mint 40000 teljes szöveggel. Ha van rá érdeklődés, szívesen jelzem az utóbbit és a jövőbeli frissítéseket ezen a fórumon. A honlapon a napokban elérhető lesz a kereső és elemző funkciókat bemutató rövid tájékoztató is.


Nyugodtan továbbítsátok a fenti üzenetet más koronavírust kutató kollégáknak is.    


Üdvözlettel,

Péter Róbert

--
ÚJDONSÁG: a csoportban való _alkató_ részvétel esetén elfogadod az itt leírt értékrendet: https://sites.google.com/a/torokcsalad.hu/poroly/home
 
Ha csak olvasás céljából csatlakoztál a listához, akkor természetesen nincs ezzel dolgod, nem kell ezt elfogadni.
---
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "suppress-covid19" group.
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to suppress-covid19-pandemic+unsub...@googlegroups.com.

Róbert PÉTER

unread,
May 18, 2020, 5:07:42 PM5/18/20
to suppress-covid19
Sziasztok,

Bővült az adatbázis 12000 cikkel - május 14-ig tartalmazza a COVID-19-es cikkeket, összesen 63571-et (49000 teljes szöveg).
A gargle-re 53 találat van (az előző verzióban 33 volt). 

A korábbi telefonbeszélgetésünk és levelezésünk alapján talán érdekes lehet az alábbi májusi pre-print:

Kenneth P Smith, Annie Cheng, Amber Chopelas, Sarah DuBois-Coyne, Ikram Mezghani, Shade Rodriguez, Mustafa Talay, James E Kirby:
"Large-scale, in-house production of viral transport media to support SARS-CoV-2 PCR testing in a multi-hospital healthcare network during the COVID-19 pandemic"
https://doi.org/10.1101/2020.04.29.20085514

Üdv,
Róbert
 

To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to suppress-covid19-p...@googlegroups.com.

torok...@torokcsalad.hu

unread,
May 21, 2020, 7:51:26 AM5/21/20
to Suppress19
Szia Róbert,

Nagyon köszi az információkat!

On Mon, 18 May 2020 at 23:07, Róbert PÉTER <robert...@ieas-szeged.hu> wrote:
Sziasztok,

Bővült az adatbázis 12000 cikkel - május 14-ig tartalmazza a COVID-19-es cikkeket, összesen 63571-et (49000 teljes szöveg).
A gargle-re 53 találat van (az előző verzióban 33 volt). 

Szerencsére időközben a szimpla nyálból történő diagnosztika erőre kapott, így nincs vele dolgunk már. Ha jól értettem, akkor az FDA elfogadta ezt mintavételi eljárásként.


A korábbi telefonbeszélgetésünk és levelezésünk alapján talán érdekes lehet az alábbi májusi pre-print:

Kenneth P Smith, Annie Cheng, Amber Chopelas, Sarah DuBois-Coyne, Ikram Mezghani, Shade Rodriguez, Mustafa Talay, James E Kirby:
"Large-scale, in-house production of viral transport media to support SARS-CoV-2 PCR testing in a multi-hospital healthcare network during the COVID-19 pandemic"
https://doi.org/10.1101/2020.04.29.20085514

Köszi!

Ákos
Reply all
Reply to author
Forward
0 new messages