Kedves Attila!
Tengölics Roland vagyok korábban találkoztunk már az SZBK ban és
beszélgettünk a Tecan folyadékkezelő robotokról és mikrobiális
átoltási lehetőségekről.
Ennek a nagy kezdeményezésnek csak egy kis résztvevője vagyok, így ha
bárki nem ért egyet az általam felvázolt ideális megoldással nyugodtan
szóljon közbe, hogy szerinte máshogy kéne csinálni a automatizálódási
részt. Illetve az elképzelések sokat módosulhatnak még.
jelenleg 2 megközelítés van amin gondolkodunk, amihez olyan platformot
keresünk ami automatikusan meg tudja csinálni 1 részét legalább:
1 verzió a minták az RNS izolálásra vonalkódosan jelölt mintavételi
csövekbe érkeznének be.
megtörténik a vonalkódok leolvasása ami tartalmazza a "mintaadatokat"
és tartalmazza annak a 96 os PCR csőnek a kódját/vonalkódját amibe a
minták a procedúra végén belekerülnek. Ezt a gép menti is, tehát
visszakereshető.
A minta adatok alapján egy algoritmus kiszámítja az ideális poolozást
(1 család tagjai 1 poolba stb kb max 5-10 minta / pool = összesen 90
pool hogy a kontrolloknak is legyen hely)
A poolozást már a robot végezné az RNS tisztítás előtt a kiszámított
optimális poolozás alapján.
Az RNS tisztítás már egy vírus RNS kinyerésre alkalmas gyári kittel
menne / vagy még valószínűbb, hogy annak másolatával.
A kinyert poolozott RNS 2-3 96 platebe menne. ennek egy része megy
közvetlenül a reverz transzkripció-ra majd a PCR vizsgálatra a másik
hosszú távú tárolásra.
Ehhez a verzióhoz néhány kulcskérdés az lenne,
Van-e olyan robotikai megoldásuk, ami nem ritkaságszáma megy és tud
mintát poolozni és RNS-t izoláló kitet használni?
Hogy tudjunk mivel számolni, max 900 minta poolozása egy algoritmus
alapján, az kb mennyi idő pipetázási idő lenne?
Létezik-e könnyen használható előre megírt gyári megoldás a
poolozásvezérlése? - vagy egyedi applikáció kell hozzá?
A jelenleg használt RNS izoláló kitekkel amiket CoVID-19 hez
használnak az RNS izolálás az mennyi idő alatt fut - le?
Milyen RNS izoláló kitek használhatók a jelenleg Tecan robottal? -
Értem ez alatt, hogy van kész gyári vagy nem gyári e már megírt
applikáció a kezelésükre?
Az általatok forgalmazott mintakövetési megoldások azok mennyiben
integrálhatók a robottal? Itt 2 lépésről is szó lenne: Leolvassa a
rendszer vonalkódját a mintavételi csőnek - az R script vagy gyári
szoftver kiszámítja a poolozást a mintaadat alapján. -
az operátor leolvastatja a 96 well PCR és mintazároló platek
vonalkódjait, majd beteszi a robotba. A robot megcsinálja a dolgát és
a poolozásvezérlő meg kiad 1 outputot, hogy az adott vonalkódú 96 well
plate melyik pozíciójába melyik mintavételi csövekből származó polok
vannak.
Ez az egész amit itt felvázoltam mennyire Sci-fy?
Van esetleg kis hazánkban ilyesmi robot?
a 2. verzió az gyakorlatilag abban lényeges elemben más, hogy a robot
az RNS izolálás után poolozna.
tehát az RNS izolálás sebessége nagyon fontos ebben a verzióban. * meg
az hogy ahol gyűjti a már poolozott RNS-t is a robot az is hűthető
legyen.
Bárcsak pontosabb és jobban leírt folyamattervre kérdezhettem volna
rá, de bennünk is még csak formálódik hogy pontosan mit hogy kellene
csinálni, így minden ötletre javaslatra nyitottak vagyunk. Ebbe
természetesen az is beletartozik hogy ha valami bottleneck elkerülte
a figyelmemet és máshogy lenne érdemes megközelíteni.
Ha túl sok kérdést tettem fel egyszerre, vagy bármi kérdés van
keressen bátran: 06306229212
Köszönettel: Tengölics Roland
Attila Karsai <
attila...@microtrade.hu> ezt írta (időpont: 2020.
ápr. 4., Szo, 8:31):
> --
> You received this message because you are subscribed to the Google Groups "suppress-covid19" group.
> To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to
suppress-covid19-p...@googlegroups.com.
> To view this discussion on the web visit
https://groups.google.com/d/msgid/suppress-covid19-pandemic/CACfFJMpNtHhziVxgAWJdXfW1k%2BeThaLnjcvb01%2BQbD4z_%3DJi_w%40mail.gmail.com.