Optimalizálási modell/XLS/G tábla: alacsony pontosságú tesztek használhatósága

[torok...@torokcsalad.hu]

Arra gondoltam, hogy amíg a biológusok a PCR poolozás pontos alkalmazási leírásán dolgoznak, addig az összes más teszt (szerológia igm - alacsony pontosságú más tesztek) használhatóságát promózom - hiszen ezekkel is 1 alá lehet csökkenteni az r-t, és innentől gazdaságossági számítás kérdése, hogy melyiket érdemes bevetni.

Készítettem egy megtérülési kalkulációt ezekre. Most egy hipotetikus, átlagosan béna 2 dolláros szerológiai teszt van a kalkulációban (a fertőzőbb időszakra vetítve 30% fals negatív, és 15% fals pozitív), de valójában én nem figyelem ezeknek a low-end és tömeggyártott teszteknek a piacát, így nem tudom, hogy most hol tartunk ezekkel, melyik mit tud. Ez ügyben jó lenne valamilyen valós infó, ha valakinek van ilyenje.

• A magyar helyzet:
  
• itt található a kalkuláció: https://docs.google.com/spreadsheets/d/1FhPbV5YxFP6xsvxBzNop3LlfE17iMDvAL5Ncku31lhE/edit#gid=318870622
• itt egy FB poszt is, ha valaki továbbosztatná
• UK helyzet (66 millió ember, GDP (2019) 2390 billion EUR, stb.),
  
• itt található a kalkuláció: https://docs.google.com/spreadsheets/d/1zcW2pyTVRbVr6L1rUjr2S-u_d883GZfZ9LsYZuDMCvs/edit#gid=289672041
• itt található egy FB poszt is erről, ha valaki továbbosztaná
  

Korrekciós javaslatokat szívesen fogadok, elkerülendő a benézéseket!

Üdv,

Ákos

[torok...@torokcsalad.hu]

ide tartozik:

https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.04.22.20074914v1

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1413867020300295?via%3Dihub

ez a cikk kellene: https://academic.oup.com/aje/article-abstract/141/3/263/62549

[torok...@torokcsalad.hu]

talán ez is ide tartozik: https://rss.onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.2307/2343787

[torok...@torokcsalad.hu]

hangosan gondolkodom, összeírom a gondolataimat - kicsit továbbmenve az eddigi kereséseim alapján:

új epidemiológiai megközelítést kellene bevezetni, amely abból az alaphelyzetből indul ki, hogy létezik (és folyamatosan létrejönnek) új tesztelési módozatok, amelyek főbb paraméterei igen sokrétűek. Ez a megközelítés lényegesen eltér a jelenlegi epidemiológiától, amely jellemzői (legalábbis amit eddig meg tudtam állapítani):

- egyféle tesztelési módszerrel számol,

- és lényegében egyszer alkalmazva (vagy pár évente, de ekkor is ezen esetre vonatkozó konkrét megállapítás céljával) screenelünk, és ebből vonunk le következtetéseket.

- és azt gondolva, hogy kevés a teszt, ezért célcsoportra kell szűkíteni

Lehetséges, hogy vannak már esetileg teljesebb modellezések, de alapvetően jelenleg tök fordítva ülünk a lovon: azt a tökéletes teszt

Az új keretek:

- olcsón és akár a teljes populációra bőven elegendőek, akár többszöri tesztelésre,

- a tesztektől nem várjuk, hogy közelítsenek a gold standardhoz ( https://en.wikipedia.org/wiki/Gold_standard_(test) )

- a tesztelés nem egyszeri vagy esetleg ismételt dolog, hanem egy komplex folyamat, többféle teszt vegyes többszöri alkalmazásával

így az új epidemiológiai matematikai feladat ezek együttes, vegyes használata, időben, célcsoportra, iterációban, szituációban (pl. elsődleges szűrés olcsón, pontatlanul, majd a pozitívokra drága pontosító tesztelés)

Azaz a jövőben ki kell mondani, hogy nem az a cél, hogy a golden standardhoz közelítő tesztekek állítsanak elő a gyártók, hanem az, hogy mondják meg, hogy mire képesek (lenti jellemzők gyártói része: pontosság, kapacitás), és a matematikusok az adott kórra irányuló tesztekből kell összeállítsák a társadalmilag optimális eredményre vezető folyamatot.

a tesztek jellemzői kb ezek (a teljsesség igénye nélkül):

- a módszer elvi áteresztő képessége (tesztelt személy/egységnyi idő)

- logisztikai költségjellemzők (teljes tesztelési költség/fő, teljes teszt folyamat valós kapacitása, elérhetősége, azaz valójában a teljes folyamat rendelkezésre állása, logisztikával, alapanyagokkal, BSL igényszintekkel, stb.)

- átfutás idő mintavételtől eredményhirdetésig

- minőségi jellemzők: fals pozitív és fals negatív karakterisztika, azaz milyen jellemzők mentén mekkora fals pozitívot és fals negatívot ad az adott teszt (pl.: vizsgálat időpontja szerint a fertőzés folyamatában, vagy a vizsgált személy kor, nem, vércsoport, - nyilván kevésbé könnyen megadható: genetikai jellemző, korábbi fertőzés vagy más kórtörténet, gyógyszerszedés), random vagy következetesen (ismétlés esetén ugyanúgy) téves eredményt ad

- társadalmi/viselkedési kihatások (pl. túl sok fals pozitív kezelése)

- másodlagos, pontosító szűrések költsége, átfutása

- lockdown társadalmi költsége egységnyi időre (pl.: GDP kiesés/nap)

- a társadalom azon része, akik a GDP-hez hozzájárulnak munkával, és fizikai megjelenést igénylő munkájuk van (akiket ki kell váltani a fals pozitív karanténből)

- a karantén költsége

- a karantén más hatása (pszichológiai, kommunikációs, logisztikai)

a modellezéshez szükséges még az eddigi hagyományos többi input adat is (kór terjedési jellemzői, továbbfertőzési képesség időfüggvénye, kór hordozó jellemzői (rovar, virágpor, stb.))

A tesztek igen eltérőek lehetnek: akár lehet egyszerű kérdőív vagy checklist, ami igen olcsón szűr (ha egyértelmű pl a szimptóma), akár csináld magad teszt, de elmehet BSL3 vagy BSL4-ig is a dolog, ha MERS/SARS/Ebola indul be.

On Sun, 3 May 2020 at 22:06, Ak...@TorokCsalad.hu <torok...@torokcsalad.hu> wrote:

z