Angol változat

38 views
Skip to first unread message

bohner...@gmail.com

unread,
Apr 21, 2020, 11:02:40 AM4/21/20
to suppress-covid19
Kedves Szerzők!

Először is gratulálok a munkához, nagyon részletes és jó ötletek vannak benne.

Bohner Gergő vagyok, Cambridge-i kutató, és azért írok meg az angol kormány (UK Cabinet Office) felkért engem és néhány kollégámat, hogy “nem-konvencionális” ötlettek gyűjtésével segítse a járványból való kilépést, a korlátozások biztonságos megszüntetését. 

Úgy gondolom az Önök ötlete kisközösségek csoportos tesztelésére és közös karanténozására valóban alkalmas lehet erre.

Szeretném megosztani a döntéshozókkal munkájuk lényegét, és persze referálni a kidolgozott változatot.

Létezik-e angol változat, és ha nem, lefordíthatom-e a munkát (persze meghagyva az eredeti szerző-gárdát és linkelve a dokumentumot)?

Ez a legfrissebb, legteljesebb változat? https://docs.google.com/document/d/1_kFuwlvG2Jo99UC222bdzWt5-pMKt4TQ4_kO6z7qxuE/edit#

Köszönettel,
Gergő

Gergo Bohner, PhD
Postdoctoral Researcher at the Gurdon Institute
University of Cambridge

bohner...@gmail.com

unread,
Apr 21, 2020, 12:01:25 PM4/21/20
to suppress-covid19
Itt egy első változat, Google Translate fordítás, plusz az első 6 oldalt átnéztem és helyesbítettem ahol kellett.

torok...@torokcsalad.hu

unread,
Apr 21, 2020, 2:32:35 PM4/21/20
to Suppress19
Szia Gergő,

minden anyag teljesen szabad. 
a weboldalon van egy "english" szekció: https://sites.google.com/a/torokcsalad.hu/poroly/home

a háttérben most elég intenzív molekuláris biológiai munka zajlik, ezért én válaszolok (én nem vagyok biológus), de szerintem a kutatók szívesen megosztják veletek a folyamatot, és azt, ahol állnak.

egyébként mi is látunk UK munkálatokat, amik hasonló tracken vannak, és world wide is. szintén a weboldalon találsz pár linket, a page alján.

ha tudunk még információt adni, mert valamilyen részletet ki kellene fejteni, igyekszem válaszolni.

egy megjegyzés: reagens hiány van globálisan, ez jelenleg valós gond. ismerve a piac működését, ez rövidtávon (hetek) megoldódik, ha már meg nem oldódott - másrészt emeli az árfolyamot.
nyilván ha mi 20-50 közötti poolokra adunk megoldást, az huszadára+ötvenedére csökkenti a reagens igényt is. de várjuk meg a kísérletek végét.

üdv,

Ákos

--
ÚJDONSÁG: a csoportban való _alkató_ részvétel esetén elfogadod az itt leírt értékrendet: https://sites.google.com/a/torokcsalad.hu/poroly/home
 
Ha csak olvasás céljából csatlakoztál a listához, akkor természetesen nincs ezzel dolgod, nem kell ezt elfogadni.
---
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "suppress-covid19" group.
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to suppress-covid19-p...@googlegroups.com.
To view this discussion on the web visit https://groups.google.com/d/msgid/suppress-covid19-pandemic/f990ab16-83d7-4c9f-b89d-837bfb5356cf%40googlegroups.com.

torok...@torokcsalad.hu

unread,
Apr 21, 2020, 2:34:26 PM4/21/20
to Suppress19
Gergő, ha megengeded, belinkelnénk a te angol verziódat, mert jobb, mint a mostani. betehetem a weboldalra?

bohner...@gmail.com

unread,
Apr 21, 2020, 2:54:52 PM4/21/20
to suppress-covid19
Természetesen, nyugodtan használjátok, kérlek építsétek be a saját angol változatotokba amit linkeltél, mert sajnos nem hiszem hogy lesz időm gyakran updatelni ezt.

Bocsánat, nem vettem észre a weboldalon az angol linket, javaslom esetleg láthatóbb helyre rakni, és/vagy egy angol "landing page"-t készíteni a külföldieknek (akár relatíve üreset, egy linkkel az angol változatra). 

És igen, sok-sok probléma van persze, de a legtöbb jó ötletekkel / energiaráfordítással kiküszöbölhető. Mi is épp azon dolgozunk többek közt, hogy meggyőzzük a döntéshozókat, hogy kicsit kevésbé szenzitív tesztekkel is bőven kordában lehet tartani a járványt, a direkt nyálmintából vett (nem kell "swab"), RNS-purifikáció nélküli (csak lysis buffer) PCR kitűnő példa erre. Igen, tényleg rosszabb mint a diagnosztikai protokollok, de járványkontrollra elég, és sokkal kevesebb hiányzó / drága reagens kell hozzá.

On Tuesday, 21 April 2020 19:34:26 UTC+1, Ákos Török wrote:
Gergő, ha megengeded, belinkelnénk a te angol verziódat, mert jobb, mint a mostani. betehetem a weboldalra?

On Tue, Apr 21, 2020, 20:32 Ak...@TorokCsalad.hu <toro...@torokcsalad.hu> wrote:
Szia Gergő,

minden anyag teljesen szabad. 
a weboldalon van egy "english" szekció: https://sites.google.com/a/torokcsalad.hu/poroly/home

a háttérben most elég intenzív molekuláris biológiai munka zajlik, ezért én válaszolok (én nem vagyok biológus), de szerintem a kutatók szívesen megosztják veletek a folyamatot, és azt, ahol állnak.

egyébként mi is látunk UK munkálatokat, amik hasonló tracken vannak, és world wide is. szintén a weboldalon találsz pár linket, a page alján.

ha tudunk még információt adni, mert valamilyen részletet ki kellene fejteni, igyekszem válaszolni.

egy megjegyzés: reagens hiány van globálisan, ez jelenleg valós gond. ismerve a piac működését, ez rövidtávon (hetek) megoldódik, ha már meg nem oldódott - másrészt emeli az árfolyamot.
nyilván ha mi 20-50 közötti poolokra adunk megoldást, az huszadára+ötvenedére csökkenti a reagens igényt is. de várjuk meg a kísérletek végét.

üdv,

Ákos
On Tue, Apr 21, 2020, 18:01 <bohne...@gmail.com> wrote:
Itt egy első változat, Google Translate fordítás, plusz az első 6 oldalt átnéztem és helyesbítettem ahol kellett.
https://docs.google.com/document/d/1ZEEoevZbWesDrbie3fygUxhe0cn2N63H6csOSSWj3yk/edit?usp=sharing

Remélem nem bánják ha megosztom?

On Tuesday, 21 April 2020 16:02:40 UTC+1, bohne...@gmail.com wrote:
Kedves Szerzők!

Először is gratulálok a munkához, nagyon részletes és jó ötletek vannak benne.

Bohner Gergő vagyok, Cambridge-i kutató, és azért írok meg az angol kormány (UK Cabinet Office) felkért engem és néhány kollégámat, hogy “nem-konvencionális” ötlettek gyűjtésével segítse a járványból való kilépést, a korlátozások biztonságos megszüntetését. 

Úgy gondolom az Önök ötlete kisközösségek csoportos tesztelésére és közös karanténozására valóban alkalmas lehet erre.

Szeretném megosztani a döntéshozókkal munkájuk lényegét, és persze referálni a kidolgozott változatot.

Létezik-e angol változat, és ha nem, lefordíthatom-e a munkát (persze meghagyva az eredeti szerző-gárdát és linkelve a dokumentumot)?

Ez a legfrissebb, legteljesebb változat? https://docs.google.com/document/d/1_kFuwlvG2Jo99UC222bdzWt5-pMKt4TQ4_kO6z7qxuE/edit#

Köszönettel,
Gergő

Gergo Bohner, PhD
Postdoctoral Researcher at the Gurdon Institute
University of Cambridge

--
ÚJDONSÁG: a csoportban való _alkató_ részvétel esetén elfogadod az itt leírt értékrendet: https://sites.google.com/a/torokcsalad.hu/poroly/home
 
Ha csak olvasás céljából csatlakoztál a listához, akkor természetesen nincs ezzel dolgod, nem kell ezt elfogadni.
---
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "suppress-covid19" group.
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to suppress-covid19-pandemic+unsub...@googlegroups.com.

torok...@torokcsalad.hu

unread,
Apr 21, 2020, 4:23:07 PM4/21/20
to Suppress19
köszönöm, elkezdem használni a fordításodat!

a kevésbé (bármilyen) szenzitív tesztek felhasználási hasznossága
a kék részen lehet saját scenáriót próbálgatni - most például betettem egy elképzelt 50% pontosságú "alkoholszonda" szerű 2 dolláros fiktív tesztet, ha egy kávé áráért 3 naponta megfújja mindenki a szondát, és csak a fertőzöttek felének szól, hogy "vonjad ki magad a forgalomból", akkor így 12 nap alatt negyedére csökken a fertőzöttek száma, és ez így folytatható, fenntartható.
jelenleg nem tudok ilyen tesztről - de nem is scannelem a híreket ilyen szemmel. lehet, hogy már van - vagy lehet, hogy lenne, csak nem mer kijönni vele senki, mert elégtelennek tartja

----

az RNS izolálás és más előkészítő munkák kiküszöböléséről:

hátha van pár kutatás, amit mi megtaláltunk, és alátámasztja a ti irányotokat is - és a miénket is (a konkrét PCR tesztjeink a lentiek ellenőrzésére még nem történtek meg):

"...Using flu and RSV clinical specimens, we have collected evidence that the RT-qPCR assay can be performed directly on patient sample material from a nasal swab immersed in virus transport medium (VTM) without an RNA extraction step. We have also used this approach to test for the direct detection of SARS-CoV-2 reference materials spiked in VTM. Our data, while preliminary, suggest that using a few microliters of these untreated samples still can lead to sensitive test results. If RNA extraction steps can be omitted without significantly affecting clinical sensitivity, the turn-around time of COVID-19 tests and the backlog we currently experience can be reduced drastically. Next, we will confirm our findings using patient samples."

"we tested two alternative strategies: the use of alternative RNA extraction kits or a direct RT-qPCR assay that omits an RNA extraction step altogether. We found that the Qiagen RNeasy Mini kit and the Qiagen RNeasy Micro kit could be substituted for the QIAamp Viral RNA Mini kit. Importantly, we report here that the RT-qPCR assay can be performed directly on patient sample material from a nasal swab, without the need for an RNA extraction step of any kind."




----

A mintavétel egyszerűsítéséről:
itt van egy 2017-es cikk a gargarizálás mint mintavételről légúti betegségek esetére (2017, szóval nem covid-19)
(van egy japán cikk, 1 db 55 éves emberről írták, ott is működött, de az 1 fő nem túl erős.)

Videó az önkiszolgáló nazális mintavételhez: https://www.youtube.com/watch?v=bBbrND0McPg

még nincs mögötte tesztünk: légzésből (ezt tervezzük tesztelni, egyelőre egy youtube videó erejéig demóztam, hogy kinyerhető elegendő minta)

Üdv,

Ákos

Endre Csóka

unread,
Apr 21, 2020, 6:38:53 PM4/21/20
to suppress-covid19
Kedves Gergő!

Ketten matematikusok is benne vagyunk a csoportban, az MTA-tól elcsatolt Rényi Alfréd Matematikai Kutatóintézetből.
Az egyik téma, amin dolgozunk (illetve Varga Dani fog dolgozni rajta, ha kapunk végre elég sok adatot) az lenne hogy az RT-PCR tesztek kiértékelését gépi tanulással szeretnénk feljavítani. A jelen algoritmusok ugyanis eléggé ügyetlennek tűnnek a nem egyértelmű esetek eldöntésében. Ez nekünk amiatt is fontos, mert poolozás esetén gyengébbek lesznek a jelek. Másrészt pedig egy jó poolozási stratégia (ez az én részem) képes figyelembe venni azt is, hogy egy teszteredmény nem egyszerűen pozitív vagy negatív lehet, hanem vannak bizonytalanabb kimenetelek is, és például egy egyértelmű pozitívat másképp kezelünk, mint egy valószínű pozitívat. Így tudunk a lehető leghatékonyabban bánni a tesztekből kinyerhető információval.

Kérdésem: tudsz segíteni például abban, hogy hozzájussunk RT-PCR tesztek nyers adatsoraihoz?
Vagy van bármi olyan rálátásod a dologra, ami hasznos lehet a számunkra?

Üdvözlettel:
Endre

Gergo Bohner

unread,
Apr 21, 2020, 6:56:49 PM4/21/20
to Endre Csóka, suppress-cov...@googlegroups.com
Kedves Endre!

Jó ötlet, mindenképp utánakérdezek a holnapi nap folyamán, hogy a nyers adatsorok elérhetőek-e. Én dolgoztam a gépeken amiket a Public Health England használ (a mi laborunkból is elvitték a gépet), az elvileg elmenti a görbéket automatikusan, szóval van rá esély hogy megvannak az adatok. Csatoltam az (1 hónappal ezelőtti) hivatalos protokollt, azóta (nem-hivatalosan) sokat lazítottak rajta.


Üdvözlettel,
Gergő
--

ÚJDONSÁG: a csoportban való _alkató_ részvétel esetén elfogadod az itt leírt értékrendet: https://sites.google.com/a/torokcsalad.hu/poroly/home
 
Ha csak olvasás céljából csatlakoztál a listához, akkor természetesen nincs ezzel dolgod, nem kell ezt elfogadni.
---
You received this message because you are subscribed to a topic in the Google Groups "suppress-covid19" group.
To unsubscribe from this topic, visit https://groups.google.com/d/topic/suppress-covid19-pandemic/rX8e_uBYLJw/unsubscribe.
To unsubscribe from this group and all its topics, send an email to suppress-covid19-p...@googlegroups.com.
To view this discussion on the web visit https://groups.google.com/d/msgid/suppress-covid19-pandemic/d956ccd2-861d-4b49-aa32-19e20fbe30af%40googlegroups.com.

Gergo Bohner

unread,
Apr 21, 2020, 6:59:43 PM4/21/20
to Endre Csóka, suppress-cov...@googlegroups.com

Megtaláltam a frissebb hirdetményt is, amivel bevonják a nem-PHE laborokat: https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/879385/Guidance_for_Laboratories_offering_support_for_COVID-19_testing_for_publication_v2__2_.pdf

Csóka Endre

unread,
Apr 22, 2020, 3:02:51 AM4/22/20
to Gergo Bohner, Suppress19, Daniel Varga
Köszönjük, ha tudnál szerezni nekünk nagy mennyiségben nyers adatsorokat, akkor végre Dani elkezdhetné az érdemi munkát. Minden kísérő információ is fontos és hasznos lenne, tehát meg kell tudnunk állapítani, hogy a mintákat minek minősítették (pl. pozitívnak vagy negatívnak), illetve ha még az is fellelhető, hogy mely minták származnak ugyanazon személytől, különböző időpontokból, akkor annak is nagy hasznát vennénk.
De ezt szerintem érted: minden, amiben hasznos információ lehet, azt sokat segíthet, de a felesleges információ sem árt, legfeljebb majd kidobjuk.

Köszönjük, az előbbi dokumentum 5. fejezete például nagyon érdekesnek tűnik. Sajnos matematikusként nem tudom, mit jelenthet például a ,,Ct value'', úgyhogy szerintem majd a biológusoktól segítségre lesz szükségünk a számunkra releváns információ kinyeréséhez.

Endre
Reply all
Reply to author
Forward
0 new messages