a gépi tanulási projekt nemzetközivé tétele: open-pcr-analytics.org

28 views
Skip to first unread message

torok...@torokcsalad.hu

unread,
Apr 22, 2020, 9:55:24 AM4/22/20
to Suppress19
Szia Bagi Tamás, Nepusz Tamás, Viki, Endre, Dani,

Telefonon beszéltünk Bagi Tamással, és akkor itt írom, hogy Viki+Endre+Ákos agyalásnak az lett az egyik outputja, hgoy nemzetközivé tesszük a gépi tanulás célcsoportját, és a lesz a cél, hogy minél több labor töltsön fel CSV-ket. Ez a topik csak ennek a bejelentéséről szól, és arról, hogy ezen célból a web megkapja a *.open-pcr-analytics.org és *.openpcranalytics.org domaineket is, ezzel segítve a nemzetközi irányt.

Remélem, hogy senkinek nem okozok ezzel rosszat, és ha igen, akkor elnézést - és természetesen az eredeti domain is él tovább, hiszen ugyanaz a szerver, csak lett még 2 aliasa a web szolgáltatásnak.

A domain hamarosan élni fog, és Bagi Tamás élesíti a szerveren is az aliasokat.

Üdv,

Ákos

torok...@torokcsalad.hu

unread,
Apr 22, 2020, 6:28:11 PM4/22/20
to Suppress19
Szia (Bagi) Tamás,

Köszönöm, látom, hogy a domain működik!

Meg tudnád oldani, hogy ne redirect legyen, hanem a maradjon a böngésző a *.open-pcr-analytics.org oldalon? ehhez szerintem annyit kéne tenni, hogy a  aliases-ban kéne megadni a webszervernek, hogy higgye el magáról, hogy az eddigi domain nevek mellett most ezt a két új domaint is ő maga, és ezért ezen kéréseket is ki kell szolgálja.
sajnos nem értek ehhez rendesen, és nem is tudom, hogy a VPS-en milyen webszerver (apache vagy nginx vagy mittomén), milyen admin felülettel fut - de valahol ezt az alias témát kéne keresni, és beírni oda a két új domaint és subdomainjeit.

Talán Bekény tud segíteni, ha hasznosnak látod.

Köszi!

Ákos

BÁLINT Bekény

unread,
Apr 22, 2020, 7:11:22 PM4/22/20
to suppress-cov...@googlegroups.com
Nem elég a sima alias az ssl miatt. Külön lets enc cert kell a ennek a domainnek is.
De Tamás biztos vágja. (Ha kell, tudok segíteni természetesen.)

--
Bekény
telefonról

--
ÚJDONSÁG: a csoportban való _alkató_ részvétel esetén elfogadod az itt leírt értékrendet: https://sites.google.com/a/torokcsalad.hu/poroly/home
 
Ha csak olvasás céljából csatlakoztál a listához, akkor természetesen nincs ezzel dolgod, nem kell ezt elfogadni.
---
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "suppress-covid19" group.
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to suppress-covid19-p...@googlegroups.com.
To view this discussion on the web visit https://groups.google.com/d/msgid/suppress-covid19-pandemic/CAKDdW8Dkjr%3DPAxZfstcBR8uQsuZOM%2BuzHv52EF0rMgf89W%3DAOw%40mail.gmail.com.

Tamas Nepusz

unread,
Apr 23, 2020, 1:48:35 PM4/23/20
to Suppress19
Sziasztok!

Meg tudnád oldani, hogy ne redirect legyen, hanem a maradjon a böngésző a *.open-pcr-analytics.org oldalon?
Megoldható, de akkor mi legyen az open-pcr-analytics.org főoldalán? Egyelőre ugye egy magyar nyelvű Discourse fórumra megy az átirányítás, ennek nyilván nem sok értelme van, viszont angol Discourse fórumunk még nincs. Legyen a https://pcrtools.koronavirusszures.hu a "főoldal", és akkor ennek az angol nyelvű verziója jelenjen meg az open-pcr-analytics.org-on?

HTTPS certificate-et majd generálunk az open-pcr-analytics.org-hoz is, az nem probléma.

Üdv,
T.

Tamás Bagi

unread,
Apr 23, 2020, 1:52:00 PM4/23/20
to suppress-cov...@googlegroups.com
Naja pont ezt akartam kerdezni, csak meg a kerdesig se jutottam

Koszi Tamas, h te irtal az ugyben

T

--
ÚJDONSÁG: a csoportban való _alkató_ részvétel esetén elfogadod az itt leírt értékrendet: https://sites.google.com/a/torokcsalad.hu/poroly/home
 
Ha csak olvasás céljából csatlakoztál a listához, akkor természetesen nincs ezzel dolgod, nem kell ezt elfogadni.
---
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "suppress-covid19" group.
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to suppress-covid19-p...@googlegroups.com.

torok...@torokcsalad.hu

unread,
Apr 23, 2020, 2:03:26 PM4/23/20
to Suppress19
. Legyen a https://pcrtools.koronavirusszures.hu a "főoldal", és akkor ennek az angol nyelvű verziója jelenjen meg az open-pcr-analytics.org-on?

igen, köszi!

.

torok...@torokcsalad.hu

unread,
Apr 23, 2020, 2:09:38 PM4/23/20
to Suppress19
ha így tisztább: bármit jónak láttok, ami a nemzetközi irányba viszi az oldalt (pl a fórum difolt angolra állítása, stb.), azt tök nyugodtan tegyétek meg. ti többet tettetek bele mint én, gazdái vagytok inkább. 

én tolom a promót a diag laboratóriumok felé, hogy játsszanak vele, ha ti azt mondjátok, hogy kezdhetem.
pre alpha, tudjuk, ők is tudni fogják

Tamas Nepusz

unread,
Apr 23, 2020, 2:50:03 PM4/23/20
to Suppress19
On Thu, 23 Apr 2020 at 20:03, Ak...@TorokCsalad.hu <torok...@torokcsalad.hu> wrote:
. Legyen a https://pcrtools.koronavirusszures.hu a "főoldal", és akkor ennek az angol nyelvű verziója jelenjen meg az open-pcr-analytics.org-on?

igen, köszi!
Kész! Lehet, hogy kell a böngésződnek egy intenzívebb refresh, ha már a régi redirectes oldalt begyorsítótárazta, de tiszta gyorsítótárral nézve már jó.

Fontos: azt, hogy az oldal milyen nyelven jelenik meg, nem az dönti el, hogy honnan közelíted meg (.hu-ról vagy .com-ról vagy .org-ról), hanem kizárólag a böngésző nyelvbeállításai. Angol nyelvterületen vélhetően mindenkinek úgy van bekonfigolva a böngészője, hogy az angolt rakja ki elsőnek. A magyar csak annak fog bejönni, ahol a böngésző nyelvbeállításaihoz fel van véve a magyar nyelv _és_ nagyobb a prioritása, mint az angolnak.

Üdv,
T.

Tamas Nepusz

unread,
Apr 23, 2020, 2:54:55 PM4/23/20
to Suppress19
én tolom a promót a diag laboratóriumok felé, hogy játsszanak vele, ha ti azt mondjátok, hogy kezdhetem.
Szerintem írni kéne egy one-pagert mellé angolul, hogy mi is ez, meg pl azt is, hogy ha olyan PCR gépről van adatuk, ami nincs benne a "PCR Machine Type" dropdown-ban, azt is töltsék fel nyugodtan (esetleg csinálhatunk +1 kategóriát, hogy "Other"), nem fogunk belőle görbéket rajzolgatni még, de köszönettel eltároljuk és csinálunk hozzá parsert, ha értelmét látjuk.

Szerintem még azt kéne megoldani a mi részünkről, hogy lehessen taggelni a feltöltött fájlokat, hogy ebben most pozitív vagy negatív minták vannak. VISZONT: itt lehet, hogy nem jól értem az egész PCR analízis menetét, de az eddigiekből mintha azt szűrtem volna le, hogy egy ilyen bemeneti fájlban van több minta, amelyek lehetnek vegyesen pozitívak vagy negatívak, tehát mintánként kell címkézni, nem az egész fájlt kell pozitívként vagy negatívként címkézni. Ennek azért van jelentősége, mert ha a feltöltött fájl formátumát nem "értjük", akkor nem tudjuk, hogy hány minta van benne, tehát nem is tudjuk megengedni az usernek, hogy címkézzen. Jól értem?

Ha igen, akkor azt kéne lehetővé tenni, hogy a feltöltött mintához az user megjegyzést fűzzön bármilyen plain text formában, amit mi el tudunk olvasni, és majd kézzel felcímkézzük, ha már tudjuk értelmezni a bemeneti fájlt.

Üdv,
T.

Viktória Lázár

unread,
May 2, 2020, 7:24:33 AM5/2/20
to Suppress19
Akos javasolta, hogy ezt tisztazzuk. 

1) Ez most jelenleg egy onkentes projekt, amibol meg senki nem lat semmi anyagi hasznot. (Bagi Tamas viszont mar vett nekunk egy szerver berletet egy evre). De meg olyan sokat mi sem csinaltunk adatokat nelkulozve. Endre es en irtunk rengeteg levelet magyar laborokba, ami legtobbszor megvalaszolatlan maradt, vegre egy madridi egyetem lat benne fantaziat. Remelem azert meg motivaltak vagytok benne. Mert egyre inkabb eselyes lehet, hogy ezzel tenyleg koronavirusra tesztelo laborok munkajat tudjuk segiteni es remelem ha megkesve is, de majd a magyar laborok is csatlakoznanak a userek kozze. Mennyire fer bele a rendes munkaidotokbe ez a fejlesztes?

2) Vilmos Peterek a laborban a koronavirus tesztek felskalazasan (poolozasan) dolgoznak, ahol ugyancsak nagyon hasznos lenne ez az algortimus. Amit ha befejeznek (1-1.5 honapon belul) leteszik a validalt modszert a kormany asztalara es nyaron mehetne esetleg ketnaponta is az idosotthonok tesztelese, hogy eleteket mentsunk vagy talan meg egy nagyobb orszagos szures is ha szukseg lesz ra. Ez a virus 1 evig biztosan nem tunik sehova es barhol lazitottak a "social distancing"-en a fertozesek szama megugrott. 

Amit el tudok kepzelni most a csapat celjainak:
1) Valoszinu fogunk tudni egy tudomanyos kozlemenyt irni mindket munkabol.
2) Ha lenne hozza egy online platform, akkor annal tobb labor munkajat tudnank segiteni ezzel a vilagon mindenhol. 
3) Esetleg beadhatunk palyazatot is ra, es akkor forrasokat is nyerhetunk. (lasd. pl. NKFI palyazat, mas EUs tovabbi hackathlon/ grant etc..)
4) Ha sikeres lesz a modszerunk, akkor elkepzelheto, hogy mas human, elelmezes-egeszsegugyi diagnosztikai szuresre is lehetne hasznalni.. ha van benne potencial es motivaltak leszunk, hogy tovabb fejlesszuk.

Tehat ki mit gondol ezekrol a gondolatokrol? Lattok esetleg tovabbi mas celokat? 

--
ÚJDONSÁG: a csoportban való _alkató_ részvétel esetén elfogadod az itt leírt értékrendet: https://sites.google.com/a/torokcsalad.hu/poroly/home
 
Ha csak olvasás céljából csatlakoztál a listához, akkor természetesen nincs ezzel dolgod, nem kell ezt elfogadni.
---
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "suppress-covid19" group.
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to suppress-covid19-p...@googlegroups.com.


--

Viktoria Lazar (Ph.D.)

Lab of Kishony

Emerson Life Sciences Building

Department of Biology, Technion – Israel Institute of Technology

Haifa 32000, Israel

http://kishony.net.technion.ac.il/people-2/




Tamas Nepusz

unread,
May 4, 2020, 6:02:10 AM5/4/20
to Suppress19
egyre inkabb eselyes lehet, hogy ezzel tenyleg koronavirusra tesztelo laborok munkajat tudjuk segiteni es remelem ha megkesve is, de majd a magyar laborok is csatlakoznanak a userek kozze. Mennyire fer bele a rendes munkaidotokbe ez a fejlesztes?
Nemrég (a hétvégén) beszéltem Ákossal telefonon, én azt mondtam neki, hogy most nonprofit alapon napi átlagban kb egy órát tudok beletenni a projektbe, persze hosszú távon kiátlagolva, most pl tegnap (ma) éjjel volt egy hosszabb sessionöm. Ennyi belefér, a téma érdekel, ennyi szabad kapacitásom meg van. Ha beindul a téma és ennél több kell, és nem közvetlenül a koronavírus járványhoz kapcsolódó kanyart vesz a projekt, akkor az viszont más (fizetős) melók elől veszi el az időt, szóval azt majd valahogy máshogyan kell megoldani (pályázatból pl?). Nem tudom, a többiek hogy állnak ugyanezzel.

Üdv,
T.

Viktória Lázár

unread,
May 5, 2020, 3:03:33 PM5/5/20
to Suppress19
Screenshot 2020-05-05 at 21.42.13.png


Csak, hogy lassatok erdeklodnek a projektrol..
Halad az informacio aramlas a potencialis spanyol kollaboratorokkal is.. kicsit nehezkes volt, mert ugy tunt nekik hogy tul sok informaciot/adatot kerek ugyhogy ezek most mind le lettek jobban tisztazva. 


--
ÚJDONSÁG: a csoportban való _alkató_ részvétel esetén elfogadod az itt leírt értékrendet: https://sites.google.com/a/torokcsalad.hu/poroly/home
 
Ha csak olvasás céljából csatlakoztál a listához, akkor természetesen nincs ezzel dolgod, nem kell ezt elfogadni.
---
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "suppress-covid19" group.
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to suppress-covid19-p...@googlegroups.com.
Reply all
Reply to author
Forward
0 new messages