Egipto y Jordania acordaron un cese al fuego el 8 de junio, y Siria el 9 de junio, y se firm con Israel el 11 de junio. La Guerra de los Seis Das result en ms de 20.000 bajas rabes, mientras que Israel sufri menos de 1.000 bajas. Adems de las bajas entre combatientes, 20 civilies israeles murieron en los ataques areos sobre Jerusaln, 15 cascos azules murieron durante los ataques israeles en el Sina al comienzo del conflicto, y 34 estadounidenses murieron en el Incidente del USS Liberty, en el que la fuerza area israel impact un barco de investigacin tcnica de la Armada de los Estados Unidos.
En 1947, la ONU estableci un plan para la divisin del Mandato Britnico de Palestina en dos estados, uno judo y otro rabe, de forma que Jerusaln y Beln quedaban bajo control internacional. Los pases rabes y los jerarcas de la comunidad rabe palestina rechazaron el plan y atacaron al recin creado Estado de Israel el mismo da de su proclamacin, lo que dio lugar a la guerra rabe-israel de 1948, que acab con la victoria de los israeles, su independencia definitiva y la ampliacin del territorio de Israel. Por su parte, Egipto se apropi de la Franja de Gaza y Transjordania ocup Cisjordania y parte de Jerusaln (rebautizando el pas con el nombre de Jordania).
Los pases rabes no aceptaron el resultado de esta guerra y continuaron con acciones de guerrilla contra Israel, lo que llev a este pas a intervenir junto a Francia y el Reino Unido en la guerra de Suez (1956). Esta guerra fue una victoria militar, pero una derrota poltica para los tres aliados, ya que la gran presin diplomtica por parte de los Estados Unidos y de la Unin Sovitica forz a Francia, Inglaterra e Israel a retirar sus ejrcitos. A cambio de retirar sus ejrcitos del Sina, Israel obtuvo indirectamente de Egipto el compromiso de detener sus envos de armamento a las guerrillas que luchaban contra Israel. Como resultado, las relaciones entre Egipto e Israel se tranquilizaron (en la medida en que esto era posible) por un tiempo. Adems, un cuerpo especial de la ONU, conocido como UNEF por sus siglas en ingls, fue desplegado en la pennsula del Sina para interponerse entre israeles y egipcios.
Sin embargo, la presin constante de la opinin pblica de los pases rabes forzaba a sus jerarcas a continuar la lucha contra Israel. Como parte de esta lucha, Egipto continu apoyando guerrillas, e impuls una alianza militar con Siria en 1966. Tanto Siria como Egipto estaban respaldados por la Unin Sovitica.
Sin embargo, a juicio del presidente israel Jaim Herzog (analista militar durante el conflicto), no era esta la opinin del mando militar israel en 1967, ni es tampoco la de otros historiadores militares israeles que se han ocupado extensamente de la guerra, como Michael B. Oren, que generalmente sostienen, a partir del estudio pormenorizado de los documentos y de entrevistas con sus protagonistas, que Israel no tena otra opcin desde el punto de vista militar. As, Jaim Herzog sostuvo que, en la situacin en la que se encontraba Israel, rodeado por un enorme ejrcito rabe que le superaba en efectivos, aviones y carros de combate, no tena opcin de especular sobre si estaban o no dispuestos realmente a atacarles, ya que careca de profundidad estratgica en la que poder desplegarse y, por tanto, de posibilidad de respuesta:
Las graves prdidas sufridas por los egipcios, tanto en aviones como en bases de lanzamiento de aviones, dieron a Israel ventaja en los combates areos durante toda la guerra, lo que explica en gran parte el favorable desarrollo del conflicto para el bando israel.
Pocos minutos despus del comienzo de la Operacin Foco, las fuerzas terrestres de Israel, divididas en 3 divisiones comandadas por Ariel Sharn, Abraham Yoffe e Israel Tal, invadieron la pennsula del Sina defendida por 7 divisiones egipcias. Tal no encontr resistencia en el norte del Sina, y ocup as la Franja de Gaza. Sin embargo, Sharon y Yoffe encontraron una fuerte resistencia por parte de las tropas del general Sa'di Nagib en Umm Qatef.
En el frente central, Israel tena la esperanza de que la participacin de Jordania en la guerra fuese solo testimonial y no llegase a producirse una confrontacin real; sin embargo, esta esperanza se vio defraudada cuando las tropas jordanas lanzaron, alrededor de las 11:15 de la maana, una serie de bombardeos sobre la parte israel de Jerusaln y un ataque sobre algunos de los principales edificios, entre ellos, la Casa de Gobierno. A las 12:30 del mismo da, la fuerza area israel atac a la jordana, atrapndola en tierra y destruyndola en gran medida.
En el frente norte, Siria us su artillera ubicada en los Altos del Goln para bombardear los asentamientos israeles de Galilea, mientras que la aviacin israel destrua ms del 60 % de la fuerza area siria.
En la maana del 6 de junio, las divisiones de Sharon y Tal conquistaron Umm Qatef y El-Arish, mientras que Yoffe avanz por el centro de la pennsula del Sina en una carrera por ocupar los principales pasos antes que las tropas egipcias y lograr as su captura. En Gaza, por el contrario, tras cruentos combates que provocaron la mitad de las bajas israeles en todo el frente sur, los principales centros de mando egipcios se rindieron, permitiendo a Israel ocupar totalmente la Franja.
La guerra alcanz ese da tambin a las tropas de tierra de Israel en el frente central, que ocuparon Latrn, Ramala y Yenn, a la vez que se completaba el cerco de Jerusaln y las unidades de paracaidistas se preparaban para el asalto al centro histrico, la Ciudad Vieja. Las fuerzas areas israeles realizaron ataques contra la base iraqu H-3, probablemente la ltima esperanza jordana de recibir cobertura area para el resto de la guerra.
En el frente central se produjo uno de los hechos ms significativos de toda la guerra, cuando la brigada de paracaidistas del general Mordechai Mota Gur ocup la ciudad vieja de Jerusaln, incluyendo el Monte del Templo o Explanada de las Mezquitas. Asimismo, las divisiones israeles en Cisjordania ocuparon Nabls y Hebrn, entre otras ciudades, llegando incluso a cruzar el ro Jordn.
El 8 de junio no se produjeron combates de importancia en ningn frente, destacando slo la ocupacin de algunas pequeas localidades en Cisjordania y el Sina. Sin embargo, debido probablemente a un error de identificacin, las fuerzas areas y navales de Israel atacaron el barco estadounidense Liberty, lo que provoc 34 muertos y 173 heridos. Las 13 comisiones oficiales de investigacin (10 en Estados Unidos y 3 en Israel) han concluido que el ataque se debi a un error israel, que presumiblemente lo confundi con un buque egipcio.[cita requerida]
El 8 de junio se realiz una propuesta de tregua que fue aceptada por Egipto pero no por Siria, lo que llev a Israel a lanzar la campaa contra Siria de los das 9 y 10 de junio. A partir de este da, casi no hay actividad en los frentes sur y central de la guerra.
Sin embargo, las fuerzas sirias se mostraron incapaces de presentar una defensa eficaz, en gran parte porque los oficiales eran mediocres y maltrataban a sus soldados. A menudo los oficiales se retiraban para escapar del peligro, abandonando a sus hombres y dejndolos desconcertados e inoperantes. En la noche del 9 de junio, las cuatro brigadas israeles haban quebrado las defensas de la meseta.
Ante la retirada de las tropas sirias, las divisiones israeles pudieron avanzar en todo el frente y llegaron a ocupar la importante ciudad de Quneitra, y con el camino expedito hacia Damasco. Sin embargo, ante la inmensa presin diplomtica, Israel acept un alto al fuego sugerido por el Consejo de Seguridad, con lo que termin as la guerra.
Israel finaliz la guerra de los Seis Das habiendo aumentado su territorio considerablemente, con la incorporacin de los Altos del Goln, Cisjordania (incluyendo Jerusaln Oriental), la Franja de Gaza y la pennsula del Sina. Desde el punto de vista militar, tras dos dcadas de fragilidad estratgica, Israel obtuvo por primera vez en su historia profundidad territorial, que le concedera capacidad defensiva para mantener la artillera rabe lejos de las ciudades israeles y evitar en adelante la obligacin de realizar ataques preventivos ante cada amenaza, con el coste que ello supone a efectos de opinin pblica. La situacin dio por tanto un vuelco geoestratgico y ahora eran las capitales rabes (Amn, Damasco y El Cairo) las que quedaban al alcance de cualquier incursin rpida del Tzahal. Adems de la expansin territorial y del colchn defensivo, Israel demostr en el plano psicolgico a sus vecinos rabes su capacidad militar y su voluntad para utilizarla.
Hubo otro efecto poltico muy importante y es el hecho de que el conflicto rabe-israel qued plenamente encajado en los esquemas de la Guerra Fra: la URSS, junto al bloque socialista, rompi relaciones diplomticas con Israel, el cual se convirti a los ojos de una buena parte de la opinin pblica internacional en agresor y potencia ocupante, lo cual perjudic gravemente su prestigio de pequeo pas en lucha por su supervivencia.
Los pases rabes se reunieron en Sudn y firmaron la resolucin de Jartum que incluye los tres noes con respecto a las relaciones rabe-israeles: no a la paz con Israel, no al reconocimiento del Estado de Israel, no a las negociaciones con Israel.
Finalmente, Israel devolvi el Sina a Egipto como parte de los acuerdos de paz de Camp David en 1978, ms o menos al mismo tiempo que conceda la ciudadana israel a los habitantes de Jerusaln Este y de los Altos del Goln, cuyos territorios se incorporaron administrativamente a Israel, si bien solo Jerusaln Oriental ha sido 'legalmente' anexionada (vase Ley de Jerusaln y Resoluciones 478 y 2334 del Consejo de Seguridad de la ONU). En agosto de 2005, durante el gobierno del primer ministro Ariel Sharn, Israel evacu todos los asentamientos de la Franja de Gaza para ceder su control a la Autoridad Nacional Palestina (ANP), siguiendo su plan de retirada unilateral israel.
A pesar de esta redaccin expansiva, la Proclamacin de Emancipacin era limitada de muchas maneras. Solo aplicaba a los estados que se haban separado de los Estados Unidos, dejando la esclavitud intacta en los estados fronterizos leales. Tambin exent a las partes de la Confederacin (los estados secesionistas del sur) que ya haban estado bajo el control del Norte. Lo ms importante, la libertad que prometa dependa de la victoria militar de la Unin (Estados Unidos).