Bom dia Daniela,
Realmente no ambiente transacional é complicado a criação de muitos índices, porém uma das melhores maneiras (uma das melhores, não a única) de aumentarmos a performance de nossas consultas são com índices.
Imagine uma tabela com muitos índices e a cada insert/delete ou update (desde que a coluna esteja indexada) o SQL deve atualizar as páginas dos índices. Por isso que quanto maior a quantidade de índices por tabela em ambiente transacional você terá um custo maior. Sem contar o tamanho do arquivos com índice armazenado, I/O, etc...
Muitas vezes conseguimos mudar a consulta e utilizar um índice existente sem a necessidade de criamos outro, mas cada caso merece uma análise diferente. Suponho que você já tenha feito isso.
Uma opção muito interessante para reduzir o número de índices é usar índex INCLUDE (Covered-Index). Dá uma pesquisada sobre isso que é bem interessante e qualquer coisa voltamos a falar sobre ele.
Se a opção de separar a base transacional da base de consulta está descartada, seja por motivos de hardware, aplicação ou gerenciamento... Seria uma medida mais extrema.
Por aí você vê as possibilidades para saber onde pode chegar.
Sobre o índice cluster vou precisar de um pouco mais de tempo para descrever sobre ele. Vou tentar postar algo a respeito e passo o link para você.
A Sr.Nimbus tem um treinamento (inclusive com uma versão online) sobre indexação.
Um texto legal sobre indexação: http://www.sqlservercentral.com/articles/Indexing/68439/
Espero ter ajudado em algo.
Abraços,
Jefferson
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