No he trabajado directamente con el control JAVA COMPUTE, pero te diria que si ya tienes el mensaje en la cola de entrada, debes conocer el formato en que llega este, por la que dices es un mensaje de web service, entonces debe tener formato XML, para ello necesitarias el WSDL o un schema que te indique el formato, esto seria el primer paso.
Si el control JAVA COMPUTE puede automatizar el WDSL o el schema y estas es un ambiente visual, debe ser mas sencillo el consumir los datos, por otro lado si lo trabajas por codigo, se necesita crear los jar a partir del schema (una herramienta que te puede ayudar es xmlBeans, que transforma los xsd a jar) para manejar los datos como beans.
sld