Hola José Luis,
lamentablemente siempre que en esta lista compares ingenieria de sistemas con cc habrán algunos que se rasgarán las vestiduras, pero aún de ellos puedes extraer alguna información interesante.
Particularmente me gusta más ser objetivo. :)
Te cuento, en mi caso estudié ing. informática en USIL (en ese momento su slogan era "la universidad que forma empresarios"). E incluso hoy (acabo de ver en su -acerca de- ), ese estilo se mantiene. Entonces, me enseñaron varios cursos cc, como base de datos, sistemas operativos, compiladires, harto analisis matematico, logica, algoritimica, pero había una dosis de gestión, como marketing, administración, contabilidad, gestión de proyectos, etc.
Para mi gusto en ese entonces, me hubiera gustado algo menos de gestión y algo más de desarrollo, sin embargo luego resultó que forme mi empresa y me sirvió mucho los otros cursos (osea en resumidas cuentas, la decisión resulto bien para mí).
Otra ventaja que no se debe despreciar son los contactos. En este caso USIL me generó excelentes contactos, tanto alumnos como profesores, los cuales a lo largo de los años fueron también una ventaja comparativa interesante.
¿Porque estudié ahí si la malla no era mi ideal? Bueno, en principio en ese momento no tenía mucha idea de cual iba a ser la malla, y segundo y más importante, tenía una beca completa por haber ingresado en los primeros puestos en el examen de admisión. Así que, a caballo regalado.. :)
Ahora, yendo al punto.. mi sugerencia es que revises lo siguiente:
1. La malla curricular, pero con detalle, es decir no sólo los títulos de los cursos, sino también el contenido.
2. Los contactos que te generará la universidad.
3. Trata de analizar qué te gusta pero también para qué eres bueno (a veces no coincide). Te cuento que en mi caso fui a un sicólogo para que me analizará y me hizo algunas pruebas para ver para qué era mejor (aunque no me sirvió de mucho pues me dijo que haga lo que quiera, porque estaban bien balanceadas mis aptitudes, y que cualquier cosa que haga, lo podría hacer bien, plop)
4. El perfil de la universidad (si el slogan es, "la universidad que forma empresarios", por ejemplo, ya te haces la idea no?
5. Los profesores que tiene la universidad.
6. El prestigio de la misma.
Finalmente, la verdad es que si eres bueno y diligente, ya sea que estudies ingsis o cc tu futuro será mas o menos similar, pero si lo tuyo es codear y full desarrollo, pues creo que casi cualquier te dirá que vires hacia cc, o que sigas en ingsis pero en una uni que profundice lo suficiente en los temas cc claves.
Y claro, si te gusta codear y eres bueno, metete de lleno al tema de concursos de programaccion (si en tu uni no promueven eso, ya ves que desde ahi te das cuenta que no estas en el lugar correcto)
espero que te sirvan de algo mis palabras.
Un abrazo,
Mariano.