malformat location string error

[Diya Prabhuram]

Hello!

I've been trying to run SPADA but I keep getting this error. What exactly does this mean and how should I fix it? Thanks!

=====  setting up environment variables  =====                                                                      using Mtruncatula matrix                                                                                                                  will run Augustus_evidence: Augustus                                                                                            will run GeneWise_SplicePredictor: GeneWise;SplicePredictor                                                  [07:31:43] ##########  Starting pipeline  ##########                                                          [07:31:43] #####  Stage 1 [Pre-processing]  #####                                                                    [07:31:43] creating symlink to: 01_refseq.fas                                                                                [07:31:43] translating sequences in 6 reading frames                                                                [07:31:44] extracting ORFs from translated genomic sequence                                                [07:31:46] creating symlink to: 51_gene.gff                                                                                  gff2gtb.pl -i 51_gene.gff -o 61_gene.gtb                                                                                        Use of uninitialized value $s in substr at /usr/local/share/perl/5.26.1/Data/Table.pm line 1660.                                                                                                                   

gtb2gff.pl -i 61_gene.gtb -o 62_gene.gff                                                                                        0 genes : 0 models                                                                                                                            [07:31:47] extracting ORFs from predicted protein sequence                                                    [07:31:47] #####  Stage 2 [Motif Mining]  #####                                                                        [07:31:47] running hmmsearch against 12_orf_genome.fas                                                      [07:31:47] parsing HMM output                                                                                                        [07:31:47] calculating alignment coordinates                                                                                [07:31:47] calculating alignment coordinates                                                                                [07:31:47] transforming coordinates (Amino Acid -> Nucleotide)                                              [07:31:47] recovering to global coordinate                                                                                    [07:31:47]   105 in total                                                                                                                    [07:31:47] refining HMM hits                                                                                                            [07:31:47] preparing for hit tiling                                                                                                      [07:31:47] tiling HMM hits                                                                                                                [07:31:47] removing noise hits                                                                                                        [07:31:47]   10 removed / 95 passed                                                                                              [07:31:47] removing hits on wrong reading frames                                                                      [07:31:47]   0 removed / 95 passed                                                                                                [07:31:47] re-formatting hit info                                                                                                        malformat location string: protein

Kind regards,

Diya