Buenas tardes amigo, tu problema es muy comun condo se trabaja con linux, la asignaciones y remociones de particiones de disco siempre afectan el grub, en realidad no se si se puede arreglar es parte (no soy usuario avanzado), dar la particion en windows y luego remontas el linux o busca de actualizar el grub, es cierto ni luinux ni windows te aceptan mas de 3 particiones primarias, la cuarta debe ser extendida, trabaja igual......
si deseas las actualizaciones puede hacer algo mas sencillo, cuando instales de nuevo el linux, crea tu particio root (/) tu swap (siempre doblando la ram) y luego creas otra particion (/usr) esto teniendo la maquina navegando previamente, es decir, montas el live, lo pones a navegar, mandas a instalar, y listo sigues revisando tus cuentas y todo eso, que ella va a cambiar los repositorios de cd a la red automaticamente y baja todas las actualizaciones necesaarias, igualmente, cuando te pida actualizar se va directmente a la red y listo, si es bueno conservar el linux, yo utilizo el KUBUNTU version 7.10 y me encanta, el entorno grafico es muy simple y ya se maneja todos los archivos de windows por alli.......
espero haber sido de ayuda...
Lenin Ramirez
Venezuela