Oi, Alexandre, tudo bem?
Desculpe a demora na resposta, ando bastante ocupado ultimamente!
Em relação à pergunta, não entendí muito bem o que você quis dizer. Se você executa o wsimport, ele gera tanto .class quanto .java. A idéia do comando, no livro, é mostrar justamente que você pode usar ele para gerar os .java e você não deve precisar mexer em absolutamente nada na estrutura do que ele gera. Não mexa nessa estrutura! Se o comando está gerando sem pacotes, é porque os namespaces do WSDL não devem estar ajustados. De qualquer forma, acho que vale a pena re-visitar os detalhes.
Se quiser, me passe como ficaram os seus XSD's e WSDL's que eu analiso por aqui.
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