Eu tive um problema parecido, mas só com o speaker. Quando eu plugava o fone de ouvido.. eu conseguia ouvir o som...
No meu caso, quando eu carregava o kimix (pelo terminal, ou ALT+F2 e escrever kmixer).
Mas, antes de fazer isso, entre entre no terminal e digite:
alsaconf
Veja se sua placa é reconhecida. Se sim, selecione-a. Depois:
alsamixer
Ajuste os controles de audio
Depois:
alsactl store
Não sei se esse é o melhor passo-a-passo... se alguem tiver alguma dica melhor.. fique a vontade...