Conceitualmente eles são a mesma coisa: servem para criar uma caminho de baixa impedância para componentes AC de uma alimentação (ou servem como um reservatório de cargas, é outro modo de ver a situação). O nome Bypass vem do fato de ele servir como um escape para as componentes AC, e o nome decoupling ve do fato de ele desacoplar duas partes de um circuito evitando que componentes de alta frequência passem.
Porém, esquecendo o fato de serem conceitualmente a mesma coisa, o que eu vejo é que comumente as pessoas chamam os capacitores maiores (vários microfarads) utilizados para estabilizar a alimentação, de capacitor de bypass, e os capacitores de alguns nanofarads (muito comum de 100nF) que são posicionados próximos aos pinos de alimentação de capacitores de desacoplamento.
É importante ressaltar que o desacoplamento não necessariamente consiste apenas de um capacitor. Em casos de que se precisa eliminar componentes de frequência de dezenas de MHz se usa também indutores junto com os capacitores.
Abraços