Za vreme NDH, poglavnik Ante Pavelić sproveo je u delo ideju o stvaranju Hrvatske pravoslavne crkve, koja bi dokazivanjem da su svi koji žive u Hrvatskoj Hrvati, bez obzira na versku pripadnost, trebalo da dokrajči postojanje Srba na tim prostorima.
Istoričar Veljko Đurić, autor knjige „Ustaše i pravoslavlje", naveo je da su se prve ideje o uspostavljanju Hrvatske pravoslavne crkve javile u drugoj polovini 19. veka, pošto je u Vatikanu postojao veliki strah da se nacionalno buđenje Srba ne proširi prema Zapadu.
“Nemački projekat „Noe ordnung", odnosno novi svetski poredak, imao je u planu i stvaranje zajednice pravoslavnih država Evrope. Dakle, koliko država, toliko pravoslavnih crkava. Ideja o HPC rođena je kod Nemaca i predočena Paveliću u okviru rešavanja srpskog nacionalnog pitanja. Rečeno mu je da mora da bude blaži, da ne može da pobije sve Srbe. Projekat HPC osmislili su obaveštajni organi nemačkih službi uz pomoć ustaša. Nemci su bili operativci, a Hrvati izvođači radova. Našli su najveću potporu među ruskom emigracijom. Proglašena je kao autokefalna crkva, s planom da bude u rangu patrijaršije, naveo je Đurić.
Najveću ulogu u stvaranju Hrvatske pravoslavne crkve imao je obaveštajac Hans Helm, tadašnji predstavnik Trećeg rajha u NDH, kao i operativci Adalbert Kungel i Marbot Šumaher. Njih dvojica su bili folksdojčeri iz Vojvodine i pre rata su imali dobre veze u ruskoj emigraciji i u srpskom sveštenstvu, odakle su regrutovali činovnike u mantijama za svoj poduhvat.
Kako je zabeleženo, na sednici Stalnog odbora za pravosudne i bogoštovane poslove, pri hrvatskom državnom saboru, članovi odbora su radili na uspostavljanju HPC, a pozivali su se na poglavnika Antu Pavelića, koji je rekao da se „nada da će se naći pametnih ljudi koji će urediti to (srpsko) pitanje, pa da se napravi u Hrvatskoj, mjesto srbske pravoslavne crkve, hrvatska pravoslavna crkva..."
Član odbora Vinko Krišković rekao je da će on uzeti to na sebe, ali i da će o svemu obaveštavati poglavnika, jer se „On (u zapisima ovo napisano velikim slovima) za ovu stvar jako zanimao i želeo da bude obavešten u svakoj fazi rada". U kakvom stanju je bio pravoslavni živalj u Hrvatskoj u to vreme pokazuje i izjava dotičnog Kriškovića, koji je rekao i da će biti poteškoća da se sve uredi jer „kako znadete, pravoslavne crkve su porušene, svećenika nema, pa se mora dobro promisliti kako sve to rešiti..."
Inače, Ante Pavelić jedini je imao pravo da bira episkope i potpisivao je sva akta HPC. Pavelić je 29. maja 1942. godine u svojoj rezidenciji primio arhiepiskopa Germogena, starog ruskog sveštenika, kome je namenjena uloga patrijarha crkve. Pošto HPC nikada nije dobila priznanje Vaseljenske patrijaršije, ostala mu je titula episkopa.
NDH je finansirala tu crkvu, ali ta crkva nije mogla mnogo da postigne. Zabeleženo je da je Germogen kukao kako nema para za cipele. Nisu Pavelić i Stepinac bili preterano darežljivi prema HPC, davali su tek onoliko koliko im je bilo neophodno za propagandu. Recimo, on je tražio da mu država preda na korišćenje imovinu predratne SPC, ali je to odbijeno, pošto je imovinu već razgrabila državna administracija.
Nemačka i ustaška vlast u Hrvatskoj koristili su predratne spiskove sveštenika SPC i, kako bi se danas to reklo kompjuterskim rečnikom, po „kopi-pejst" principu tim sveštenicima formalno dodelili parohije i rešenja o plati. Kako je zabeležio Đurić, prema spiskovima ta crkva je imala oko 80 sveštenika. A kada se uporede ti spiskovi sa spiskovima sveštenika iz 1941. vidi se da je tridesetak njih ubijeno već na početku rata.
Na tim spiskovima sveštenika našlo se čak i ime četničkog vojvode Momčila Đujića, koji je u to vreme uveliko bio vođa ustanka.
Hrvatska pravoslavna crkva nikada nije dobila ozbiljno priznanje. Prva ju je priznala Ruska crkvena opština iz Sarajeva. Krajem 1942. Germogen je preko ministarstva spoljnih poslova NDH zatražio priznanje od vaseljenskog patrijarha, a kakav je status imala ta takozvana crkva najbolje govori što je u toj molbi zatražio i da mu pošalju episkope i sveštenstvo koje mu nedostaje. Nigde u istorijskoj dokumentaciji ne postoje tragovi da je dobio bilo kakav odgovor.