Phylogenetically validation of foreign genes

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Denis Jacob Machado

unread,

Mar 31, 2015, 12:53:10 PM3/31/15

to Adriana Jeckel, Ana Paula Brandão, André Kanasiro Spinelli Guimarães, Boris BLOTTO, Carolina Rossi, Danielle Fabri, Jhon Jairo Sarria, Mariane Targino, Pedro Henrique Dias, Rachel Montesinos, Rafael dos Santos Henrique, Taran Grant, sequ...@googlegroups.com

Caros,

O trabalho de Crisp et al. (2015) chamou atenção e gerou polêmica ao concluirem que "although observed rates of acquisition of horizontally transferred genes in eukaryotes are generally lower than in prokaryotes, it appears that, far from being a rare occurrence, HGT has contributed to the evolution of many, perhaps all, animals and that the process is on- going in most lineages".

As principais críticas do trabalho tangenciam problemas de alinhamento e o fato de que os alinhamentos não acompanham o trabalho para poderem ser verificados por terceiros. Eu estou interessado em outro problema. Gostaria de saber a opinião de vocês sobre o processo de "validação filogenética" de transferência horizontal de genes usada por Crisp et al. (2015) e detalhado em Boschetti et al. (2012).

O termo "validação"obviamente é estranhamente aplicado aqui, mas fora isso eu estou interessado se esta abordagem seria de alguma forma válida como parte da avaliação da transferência horizontal de genes (para mais detalhes sobre transferência horizontais de genes em eucariotos, ver Keeling & Palmer, 2008).

Abraços,

Denis

2015_Crisp et al._Expression of multiple horizontally acquired genes is a hallmark of both vertebrate and invertebrate genomes.pdf

2012_Boschetti et al._Biochemical Diversification through Foreign Gene Expression in Bdelloid Rotifers.pdf