DISCIPLINA: Análises de comunidades microbianas com NGS

[Denis Jacob Machado]

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BIZ5745    Tópicos Especiais em Zoologia – Análises de comunidades microbianas utilizando dados NGS (QIIME) e microscopia
    
Profs. Resp.:  Drs. Daniel José Galafasse Lahr
                       Laura W. Parfrey

Dias da semana:  2º a 5º feira                          
Horário: 9:00-12:00/14:00-17:30
Período: 04/11/2013 a 07/11/2013
Créditos:  02
Vagas:  máximo: 20 (normais ou especiais)
Local: Dia 04/11 Microscopia 01 (08:00 - 12:00), Auditório 01 (14:00 - 17:30); Dias 5, 6 e 7 Auditório 01 (08:00 - 12:00 e 14:00 - 17:30)

OBS: Domínio da língua inglesa é recomendado, a Profa convidada ministrará palestras em inglês, porém a atividade de campo no primeiro dia será em português. O curso é voltado para alunos de Pós-Graduação de todos os níveis de experiência com bioinformática.  São pré-requisitos do curso:

1. Trazer laptop próprio todos os dias do curso.
2. Instalar o software QIIME antes do curso (http://qiime.org/).
3. Cumprir um tutorial online de Unix gratuito (http://nixsrv.com/llthw).  Esta experiência aumenta bastante o nível de conforto com os problemas que serão abordados.

O trabalho de campo será realizado em área do próprio campus Butantan da USP.  No caso de grande procura, serão selecionados os candidatos com projetos de pesquisa mais assemelhados com os conteúdos do curso.
   
CONTEÚDO:

Apesar do poder e escalabilidade de abordagens moleculares, que permitem rápido estudo de enorme quantidade de amostras, é importante entender quem são os microrgnaimos e o que eles fazem no ambiente.  Para suprir esta necessidade, proporcionaremos um breve contato com coleta de amostras do ambiente, que será feito no próprio campus na primeira manhã do curso.  Diferentes ambientes serão coletados, como água-doce, sedimento e solo.  Estas amostras serão trazidas para o laboratório onde os alunos serão expostos aos principais métodos de isolamento e identificação, de organismos como: flagelados, ciliados, amebas e diatomáceas.  A segunda metade será dedicada à análise bioinformática de dados de seqüenciamento de nova geração utilizando o software QIIME. 

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Daniel J. G. Lahr, PhD

Assist. Prof., Dept of Zoology, 

Univ. of Sao Paulo, Brazil

+ 55 (11) 3091 0948