Prezado Kelson,
Verifique que versão está usando e atualize caso necessário. Verifique se a atualização foi realizada com sucesso. Geralmente, se esquecem que a atualização do OJS ocorre em 2 etapas: atualização do código fonte e, em seguida, da base de dados. O sistema pode até funcionar, mas está de fato corrompendo a base, gerando problemas futuros, praticamente impossíveis de serem resolvidos.
Verifique quais páginas especificamente apresentam lentidão, para tentar reduzir o escopo de estudo. Se forem páginas da administração, pode ser até normal serem mais lentas. Já nas páginas públicas ou de outros perfis/papéis o acesso for rápido, pode ser um problema de acúmulo de papéis ou de quantidade de dados, que exigiria realmente um tuning no banco.
Solicite ao administrador do servidor para verificar os logs do Apache e do servidor de bases de dados MySQL ou PostrgreSQL, vai depender do que estiver usando).
Esta análise permitirá identificar se não há alguma query de banco consumindo muito recurso. Se for o caso, o tuning na query ou no banco, na minha opinião, deverá ser solicitado via forum do PKP, para que seja estudado por eles. Além disso, a implementação deve ser muito bem documentada, para evitar problemas ao atualizar.
Caso não seja um problema de banco, pode ser problema de conteúdo.
Verifique se não há muito copia-e-cola do Word nos conteúdos da sua revista, especialmente nos campo do editor TinyMCE. Pode parecer bonito, mas o código fonte deve estar cheio de lixo, o que gera lentidão excessiva ao tentar renderizar as páginas.