Bom Dia Susana:
Verifiquei que seu arquivo contem muitos erros de validação, estou lhe enviando em anexo o arquivo html especificando os tais erros.
Quanto a Tabela 3, o programa "markup" algumas vezes, da um bug na tag da marcação de "rows" impossibilitando a geração do arquivo xml.
Eu sugiro que quando isto ocorrer, remarque a tabela inserindo linhas, para substituir a linha com a marcação exemplo: [td align="left" rowspan="2"]
na coluna, por marcação de linha simple exemplo:
[td align="left"], e depois edite a informação usando um aplicativo de sua preferência, eliminando estas linhas acrescentadas, voltando com uma única linha com a informação de "rows" novamente.
Também percebi que no corpo do texto, havia um paragrafo que estava com a tag de "p" aberta e que não foi fechada, o que também impediria a geração do arquivo xml na linha abaixo:
[p]Family screening was performed in a total of 17 subjects, 9 males (52.9%) and 8 females (47.1%), with a mean age of 35.8 ± 20 years (range 13‑73). Median α‑Gal A activity was 13 ± 10.3 μmol/L/h (range 0.8‑27.7) in males tested. The prevalence of a GLA gene mutation in the family study was 58.8% ([xref ref-type="table" rid="3"]Table 3[/xref])
Estou enviando em anexo, seu arquivo ".doc" com a re-marcação que fiz na tabela 3, e sanando os problemas listados no arquivo html, você conseguirá gerar e validar o seu arquivo normalmente.
Bom! Espero ter ajudado!
Bom Trabalho
Cristiano