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Soluções para as questões de Markup

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Roberta Takenaka

unread,
Nov 17, 2023, 1:38:22 PM11/17/23
to SciELO XML - SciELO Publishing Schema
Prezados / Estimados

Em anexo, zip com o markup.prg (scielo\bin\markup\markup.prg) e pdf de como habilitar a macro no windows explorer, caso encontrem algum problema em habilitar a macro dentro do Word. Se a macro estiver habilitada, a opção apresentada no documento pdf não será apresentada.

Foram revisadas as questões de
  • uri para xref
  • normaff
Por favor, se tiverem algum problema além destes, enviem captura de telas do passo a passo.

Vale lembrar que se o markup demora a apresentar os relatórios geralmente há dois motivos:
  • falta de completar a instalação
  • erro de marcação que impede de gerar o XML
Verificar o arquivo c:\scielo\bin\markup\temp\cmd.log que é um arquivo texto. Se ele estiver vazio. Tente executar novamente a geração do XML, pois este arquivo é apagado a cada marcação.

Abra o arquivo, copie o comando a partir da palavra python, coloquem no terminal DOS, executem o comando. Caso não consiga interpretar o resultado, envie a captura da tela.

Roberta Takenaka (she/her)
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scielo-pc-programs_4.0.096-R20190422_markup-2023-11-17-xref-uri.zip

Rita Maria Xavier Machado

unread,
Nov 17, 2023, 2:30:27 PM11/17/23
to SciELO XML - SciELO Publishing Schema
Prezada Roberta,

Obrigada pelo arquivo.

Tenha um ótimo fim de semana!

Cordialmente,

Rita Machado 

De: sciel...@googlegroups.com <sciel...@googlegroups.com> em nome de Roberta Takenaka <roberta....@scielo.org>
Enviado: sexta-feira, 17 de novembro de 2023 15:37
Para: SciELO XML - SciELO Publishing Schema <sciel...@googlegroups.com>
Assunto: [SciELO XML] Soluções para as questões de Markup
 
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Tarcísio Osório Ferreira

unread,
Nov 20, 2023, 10:43:24 AM11/20/23
to SciELO XML - SciELO Publishing Schema
Boa tarde,


Os problemas URI foram resolvidos para mim, mas não sei se foi um efeito colateral, mas agora, na marcação das referências, quando clico nas tags arttitle, thesgrp, confgrp, não muda mais o tipo de referência de book para journal, thesis, confproc. Tenho que fazer manualmente.

Alguém já passou por isso?

Att.

SciELO Uruguay

unread,
Nov 20, 2023, 12:28:14 PM11/20/23
to sciel...@googlegroups.com
Estimado:
Eso ocurre frecuentemente debes editarlo con el lápiz, y allí cambiarlo

image.png

image.png
Espero haberte ayudado
Laura
Lic. Laura Machado
Coordinadora
SciELO.UY
tel: 29243414 int 3455


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Marisa Mourão

unread,
Nov 24, 2023, 4:59:07 AM11/24/23
to SciELO XML - SciELO Publishing Schema

Boa tarde,

já revertemos a versão do Word para a 16.0.16827.20166. Depois disso, fizemos nova instalação de tudo. A reversão ajudou em alguns problemas, mas continua a não ser possível marcar automaticamente as referências, aparecendo a mensagem da imagem que envio.

 erro-Vancouver.png

Como referido, conseguimos executar a ação nos ficheiros em questão noutros computadores.

 

Têm alguma ideia que nos possa ajudar?

 

Obrigada,

Marisa Mourão

Roberta Takenaka

unread,
Nov 24, 2023, 7:24:50 AM11/24/23
to sciel...@googlegroups.com
Olá Marisa,
Aí é outra questão. É problema de operação.
A mensagem diz que a revista está adotando a norma "other", ou seja, diferente de vancouver.
Por este motivo, o programa não marca.
Você deve indicar que a norma da revista é vancouver.
Roberta Takenaka (she/her)
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Marisa Mourão

unread,
Nov 27, 2023, 5:10:09 AM11/27/23
to SciELO XML - SciELO Publishing Schema
Bom dia,
no computador que está com problemas não aparece a janela para escolher a norma.
No title manager, a norma da revista está vancouver e já garantimos que o journal standart txt estava o certo no computador em questão.

Tem alguma outra ideia que nos possa ajudar?

Obrigada!
Marisa 

Roberta Takenaka

unread,
Nov 27, 2023, 2:16:00 PM11/27/23
to sciel...@googlegroups.com
Olá Marisa
Tentei simular com um arquivo que tenho e deu certo.
Poderia me enviar este arquivo para eu testar por aqui, por gentileza?
Roberta Takenaka (she/her)
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Cristina Neves

unread,
Nov 28, 2023, 9:20:07 AM11/28/23
to sciel...@googlegroups.com

Cara Roberta

Só para reforçar que este problema relatado pela Marisa, acontece desde sempre com qualquer revista que adopte a norma Vancouver.

Para simular faça o seguinte:

  1. Abrir um ficheiro de uma revista que adopte norma Vancouver no Markup
  2. Preencher o cabeçalho (“doc”) com os dados do artigo
  3. Sair do Markup escolhendo “salvar e sair”
  4. Abrir novamente o mesmo ficheiro no Markup
  5. Tentar fazer a marcação automática das Referências

Obterá imediatamente a mensagem:

 

E a partir daqui já não conseguirá fazer a marcação automática das referências, apesar de a revista adoptar a norma Vancouver.

Nós temos este problema desde sempre com esta versão do Markup.

Se puder ajudar em alguma dúvida diga sff.

Obrigada

Melhores cumprimentos | Saludos | Best regards,

Cristina César das Neves

Mobile Ph +351 917 548 604    Office Ph +351 214 164 710

R. Cidade de Bissau 53C 30.0.1    1800-075 Lisboa – Portugal

Think before you Print

If you’re not supposed to receive this message please discard it and inform us by email

 

Como referido, conseguimos executar a ação nos ficheiros em questão noutros computadores.

 

Têm alguma ideia que nos possa ajudar?

 

Obrigada,

Marisa Mourão

A segunda-feira, 20 de novembro de 2023 à(s) 17:28:14 UTC, SciELO Uruguay escreveu:

Estimado:

Eso ocurre frecuentemente debes editarlo con el lápiz, y allí cambiarlo

 

 

Espero haberte ayudado

Marisa Mourão

unread,
Nov 29, 2023, 5:49:33 AM11/29/23
to SciELO XML - SciELO Publishing Schema
Estimada Roberta,
envio um ficheiro de exemplo.
Reforço que este ficheiro apenas não funciona num dos três computadores que testamos, portanto, creio que é uma questão relacionada com o computador e não com o ficheiro. O computador em que não funciona já teve esta funcionalidade operacional. O momento em que deixou de a ter funcional foi quando o Word atualizou. Não sei se foi coincidência. 

Tive o cuidado de replicar o processo que a Cristina indicou para perceber se marcando o doc e saindo e voltando a entrar tinha influência num dos computadores em que funcionava, mas não teve.
Cristina, em primeiro lugar, obrigada! Em segundo, em algum momento, funcionou este processo no seu computador? Pergunto só para ver se conseguimos identificar aqui um ponto comum, que nos leve à solução.

Qualquer ideia que tenham, é benvinda.

Obrigada,
Marisa

ges.zip

Roberta Takenaka

unread,
Nov 29, 2023, 6:10:58 AM11/29/23
to sciel...@googlegroups.com
Marisa
Recebido
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Cristina Neves

unread,
Nov 29, 2023, 6:49:25 AM11/29/23
to sciel...@googlegroups.com

Bom Dia,

Obrigada pela clarificação Marisa, mas para nós é assim em todos os computadores, a partir do momento em que saímos do Markup sem marcar as referências Vancouver, já não conseguimos marcar mais.

Isto acontece em computadores com Win 10 e Win 11 (nas versões mais atuais).

Já experimentei também reiniciar o computador depois de sair do Markup mas continua a não marcar a norma Vancouver.

Curiosamente com o seu ficheiro que enviou, não tive problemas, consegui apagar a marcação das referências e marcar de novo automaticamente com a norma Vancouver 😲

Irei dando feedback das situações que ocorrerem para ver se chegamos a alguma conclusão

Obrigada

Roberta Takenaka

unread,
Nov 29, 2023, 8:28:04 AM11/29/23
to sciel...@googlegroups.com
Olá Cristina e Marisa
Ainda não tinha tido oportunidade para testar o arquivo de Marisa. Obrigada Cristina!
Haveria pelo menos dois motivos para o Automata 2 (aplicável somente para vancouver) não funcionar:

1. As referências não seguirem Vancouver ou terem alguma diferença de padrão quando este automata foi desenvolvido (por exemplo, na época não havia DOI)
2. Algum pré-requisito não estar funcionando. Um deles é que este automata usa java.
Um meio fácil de testar isso é abrindo um programa de uso do desenvolvedor para testes. Ele está em: c:\scielo\bin\markup\app_modules\refIdentifier\Visualizador.bat
Abre esta janela:

Captura de Tela 2023-11-29 às 10.18.30.png
Se colocar uma ou mais referências no primeiro campo e clicar no botão Processar, se tudo estiver bem, inclusive as referências, os campos XML e PubMedCentral serão preenchidos pelo programa.

Nesta mesma pasta, há os arquivos artigos.txt e livros.txt que o desenvolvedor usou como testes. Se usar estas referências pode visualizar que elas geram a marcação.

Marisa, pode fazer este teste? Se houver algum problema de instalação ou execução será apresentado na tela atrás da janela do programa em um terminal DOS.

Roberta Takenaka (she/her)
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Marisa Mourão

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Nov 29, 2023, 11:02:14 AM11/29/23
to SciELO XML - SciELO Publishing Schema
Roberta,
obrigada!

Testamos em 3 computadores e o resultado foi igual:
image.png

Num deles a marcação automática das referências não funciona. Nos outros dois sim, mas com uma ressalva: testamos o que disse a Cristina (de sair antes de marcar as refs) e num dos computadores (Word 16731.20316) deixa de dar a marcação automática. No outro (word 14332.20604) funciona bem de qualquer maneira.

Alguma ideia?

Obrigada!
Marisa

Roberta Takenaka

unread,
Nov 29, 2023, 4:49:05 PM11/29/23
to sciel...@googlegroups.com
Olá Marisa,
Obrigada pelos testes e comentários.
Podemos concluir:
  • java ok
  • algumas referências de fato não estão no padrão: 6 de 54
Tentado explicar:  o Markup executa alguns programas para realizar algumas atividades: geração de xml, validações, marcação automática de referências, etc... Pode não funcionar porque são programas python ou java e depende de python e java estarem bem instalados (versão esperada entre outras questões). Pode não funcionar, digamos por pelo menos 3 motivos: A) algum problema na chamada destes programas (se mudou algo no Word); B) Problema no programa em si; C) Problema ao obter ou processar o resultado do programa python ou java dentro do Markup.

Com o teste que Marisa fez, podemos concluir que o item 2 está OK. 

Por gentileza, faça um novo teste no Markup. Selecione uma das referências que foi marcada ao usar o Visualizador.bat e clique em automata 2. E, logo após, compacte a pasta c:\scielo\bin\markup\temp e me envie. Aí dentro, o markup gera alguns arquivos temporários que podem me dar alguma pista do que pode estar acontecendo quanto aos pontos A e C.


Roberta Takenaka (she/her)
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Cristina Neves

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Nov 30, 2023, 9:25:44 AM11/30/23
to sciel...@googlegroups.com

Caras Roberta e Marisa,

Desculpem só hoje tive oportunidade de fazer os testes que a Roberta sugeriu.

Utilizei sempre o mesmo ficheiro com referências na norma Vancouver para todos os testes que fiz. Simplifiquei só com 4 refs.

No visualizador ficou tudo bem marcado:

 

Quando testei o ficheiro da Marisa (da revista GE) percebi que não dava erro, por isso eu experimentei marcar o mesmo ficheiro como sendo de diferentes revistas (GE, NAS, RPMGF) e obtive resultados diferentes.

Fiz sempre os mesmos passos:

  1. Abrir o ficheiro no Markup –> marcar o cabeçalho -> marcar as referências utilizando automata, aparece o pop up

  1. Indicar a norma Vancouver -> As referências ficaram bem marcadas em todas as 3 revistas que utilizei

 

Depois experimentei com o mesmo ficheiro:

  1. Abrir o ficheiro no Markup –> marcar o cabeçalho -> fechar markup
  2. Abrir novamente o ficheiro e marcar as referências utilizando automata

Em duas das 3 revistas (GE e RPMGF) as referências foram de imediato marcadas corretamente (nem sequer apareceu pop up)

Na outra revista (NAS) obtive o erro habitual e não consegui nunca marcar (não aparece pop up dá imediatamente erro)

 

Mando em anexo os 3 testes que fiz, espero que ajude à compreensão do problema.

Será que o erro ocorre quando algures as revistas não estão definidas como usando Vancouver, apesar de usarem?

Se obtiver mais algum resultado, direi.

Obrigada

Melhores cumprimentos | Saludos | Best regards,

Cristina César das Neves

Mobile Ph +351 917 548 604    Office Ph +351 214 164 710

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From: sciel...@googlegroups.com <sciel...@googlegroups.com> On Behalf Of Roberta Takenaka
Sent: 29 de novembro de 2023 13:28
To: sciel...@googlegroups.com
Subject: Re: [SciELO XML] Re: Soluções para as questões de Markup

 

Olá Cristina e Marisa

Ainda não tinha tido oportunidade para testar o arquivo de Marisa. Obrigada Cristina!

Haveria pelo menos dois motivos para o Automata 2 (aplicável somente para vancouver) não funcionar:

 

1. As referências não seguirem Vancouver ou terem alguma diferença de padrão quando este automata foi desenvolvido (por exemplo, na época não havia DOI)

2. Algum pré-requisito não estar funcionando. Um deles é que este automata usa java.

Um meio fácil de testar isso é abrindo um programa de uso do desenvolvedor para testes. Ele está em: c:\scielo\bin\markup\app_modules\refIdentifier\Visualizador.bat

Abre esta janela:

 

Obterá imediatamente a mensagem:

 

E a partir daqui já não conseguirá fazer a marcação automática das referências, apesar de a revista adoptar a norma Vancouver.

Nós temos este problema desde sempre com esta versão do Markup.

Se puder ajudar em alguma dúvida diga sff.

Obrigada

Melhores cumprimentos | Saludos | Best regards,

Cristina César das Neves

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Como referido, conseguimos executar a ação nos ficheiros em questão noutros computadores.

EXP_GE.zip
EXP_RPMGF.zip
EXP_NAS.zip

Marisa Mourão

unread,
Nov 30, 2023, 10:20:24 AM11/30/23
to SciELO XML - SciELO Publishing Schema
Cristina,
a NAS não tem a norma vancouver associada no title manager. Será esse o problema e podemos resolver por essa via.

Roberta,
envio o que me pede do computador que não consegue fazer a marcação automática para verificarmos o que se passa.

Muito obrigada a ambas,
Marisa

temp.zip

Cristina Neves

unread,
Nov 30, 2023, 10:58:46 AM11/30/23
to sciel...@googlegroups.com

Ok Marisa, então poderia ser esse o problema, pode alterar sff para vermos se resolve.

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