Abra o Markup
Acesse o arquivo
Tente gerar XML
Entre na pasta que corresponde a c:\scielo\bin\markup\temp
Dentro desta pasta há um arquivo cmd.log
É um arquivo texto, então abra-o com um editor de texto.
Copie o comando que está a última linha do arquivo, ou seja, a linha exceto a data que está no início.
Cole este comando em um terminal DOS, veja a mensagem que ele dará.
Pode ser que a mensagem tenha a ver ausência das dependências / bibliotecas python (pillow ou PIL). Aí você tem que usar os procedimentos de install_requirements.bat (
http://docs.scielo.org/projects/scielo-pc-programs/en/latest/pt_installation_configure.html#markup)
Caso a mensagem seja outra, me envie, por favor, respondendo esta mensagem.