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Pelo comportamento descrito — as notas inseridas com <page-fn> não aparecerem nem como chamada no corpo do texto nem ao final do artigo — o mais provável é que o problema esteja relacionado ao ambiente local do Markup ou à importação do arquivo, e não necessariamente ao antivírus.
Em geral, quando há inconsistência na marcação XML, o sistema costuma apresentar avisos de validação ou manter as notas visíveis de alguma forma. O desaparecimento completo das notas costuma indicar falha de processamento pelo próprio Markup.
Sugerimos, se possível, realizar alguns testes simples:
abrir o mesmo arquivo em outro computador com o Markup instalado;
importar novamente o arquivo Word, salvando antes uma nova cópia em formato .docx;
verificar se o comportamento se repete em outro artigo ou apenas neste arquivo específico.
Caso o problema não ocorra em outro ambiente, é bastante provável que esteja relacionado à instalação local do Markup.
Antivírus normalmente não interfere diretamente na marcação XML, portanto essa hipótese é menos provável.
Fico à disposição
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