Prezado Cristiano, boa tarde!
1. Onde encontro os códigos relacionados as cores das células?
Procure pela tabela CSS de cores, nela estão os códigos das cores.
2. Na hora conversão, corre-se o risco na hora da aplicação dos estilos pelo setor de conversão, a tabela ser publicada sem as células coloridas?
Se marcar conforme o exemplo de marcação para cores <thead style="background-color:#794400;color:#ffffff"> com os códigos corretos de cada cor correspondente, as células ficarão coloridas e serão publicadas conforme enviado. Exemplo de uma tabela colorida publicada em SciELO:
3. É possível enviar a tabela em formato "svg" para ficar mais fiel ao pdf?
As tabelas não podem ser enviadas como imagem. Segundo
comunicado de 09/12/2016 e de acordo com a
versão vigente do SPS, obrigatoriamente todas as tabelas (bem como equações e fórmulas) devem ser codificadas com os padrões aceitos por SciELO.
Fico à disposição.