Prezado, Gilcemir. Boa tarde!
Verificamos que o problema está na marcação de referência cruzada para as equações em linha.
Ocorre que não está previsto um tipo de referência cruzada para equações em linha <inline-formula> e o programa aponta que não existe id para a xref correspondente. Nesse caso, deve-se excluir a marcação de referência cruzada.
O programa automaticamente converterá a marcação feita como equation no meio de um parágrafo para "inline-formula", mas apresentará outro erro de conteúdo de quantidade de equações presentes no documento.
Enviamos, em anexo, arquivo marcado corrigido.
Qualquer dúvida, estamos à disposição.