Boa tarde, Mariana.
Aqui na revista Ambiente & Água, temos como prática gerar o HTML das tabelas e o XML das equações em arquivos separados. No arquivo Word, inserimos um print da tabela e da equação no corpo do artigo e fazemos as marcações iniciais pelo Markup. Depois inserimos, manualmente, no arquivo XML gerado em markup_xml\scielo_package.
por:
<td align="center"><inline-formula><math><mi>G</mi><mi>o</mi><mi>F</mi><mo>=</mo><mi> </mi><msqrt><mi>
A</mi><mi>V</mi><mi>E</mi><mi>*</mi><msup><mrow><mi>R</mi></mrow><mrow><mn>2</mn></mrow></msup></msqrt></math></inline-formula></td>
Espero ter ajudado.
Atenciosamente,
Tiago Agostinho
Revista Ambiente & Água