Conversion XML SciELO a Pubmed

[Flori Janet]

Estimado Equipo SciELO

Editores de revistas de Medicina preguntan si es posible convertir XMLs SciELO a XMLs Pubmed,  en algún momento SciELO tenia un procedimiento para realizar dicha proceso.

La pregunta es ¿Aún esta vigente el procedimiento? si es así podrían compartirlo.

Agradezco de antemano su ayuda

Saludos cordiales

Flor Janer Rivera Pulido

SciELO-México

[Publicação SciELO]

Estimada Flor,

Sí, usamos el mismo procedimiento para generar XML de PubMed para las revistas que somos proveedores de datos. Es el comando GetBasesXML_BR_PubMed_ISI.

Como se trata de un procedimiento interno, por favor reenvíe su correo electrónico a tecnologia <tecno...@scielo.org> para que evalúen cómo compartir este sistema con SciELO México.

Cordiales Saludos,

Renata Postalli

Unidade de Produção - Núcleo de Publicação

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Atenciosamente,

Renata Postalli (she/her)

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Dicas para uma lista mais agradável: https://groups.google.com/forum/#!msg/scielo-xml/-YrEM7thNiU/23VuComZDwAJ
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[Roberta Takenaka]

Estimada Flor

Me parece que este procedimiento es igual desde siempre.

Por favor, verifica esta documentación:

https://scielo.readthedocs.io/projects/scielo-pc-programs/en/latest/xml_exporter.html

Roberta Takenaka (she/her)
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Coordinadora de Desarrollo de Sistemas

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[Oralia Carrillo]

Estimado Equipo SciELO,

Seguimos revisando la obtención de la versión XML para PubMed Central.

Hemos verificado que las revistas ya se encuentran indizadas en PMC y en SciELO Manager se ha dado de alta su código Medline.
Tenemos instalada, completa, la última versión de los PC-Programs
scielo-pc-programs_4.0.096-R20190422.EXE

El XML SciELO ya tiene la tag
<journal-id journal-id-type="nlm-ta">Rev Alerg Mex</journal-id>

Al ejecutar el XML_package_maker, activando la opción para obtener el paquete PMC, obtenemos la respuesta de abajo, reporta la falta del archivo
C:\SciELOPubMed2\bin\pmc\j1.1\xsl\sgml2xml\pmc.xsl
Efectivamente no se encuentra ese archivo en esa versión.

¿Alguien de la red que trabaje regularmente con este proceso nos puede ayudar para saber qué es lo que nos está faltando?

Y si es posible ¿Nos puede compartir un ejemplo de archivo XML-PMC obtenido a partir del XML SciELO?

Agradezco de antemano su ayuda

Oralia Carrillo Romero
Coordinación SciELO-México

[Roberta Takenaka]

Estimada Oralia

La solicitud original era para generar datos para PMC o para PubMed (Medline)?

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[Roberta Takenaka]

Estimada Oralia

Prueba reinstalar todos los demás programas incluso XML SciELO.

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On Thu, Feb 23, 2023 at 5:30 PM Oralia Carrillo <carril...@gmail.com> wrote:

Para ver essa discussão na Web, acesse https://groups.google.com/d/msgid/scielo-xml/999a4ee6-4077-416a-bbe0-5a093b611123n%40googlegroups.com.

[Oralia Carrillo]

Buenos días Roberta,
La solicitud es para generar los XMLs para PMC, entendemos que son XMLs con el texto completo, mientras que los que son para PubMed o Medline son solo los resúmenes ¿Es así?

Hicimos ya lo que indicas en el siguiente correo, instalar todos los programas.
De esa manera obtuvimos el paquete pmc_package

Sin embargo, el procesamiento reporta la falta de unos archivos

Y los XML's que se obtienen en el paquete pmc_package solo contienen,



Observamos que el archivo pmc.xsl que no encuentra en la versión  <j1.1> sí está e otras versiones 


Agradezco tu atención.

Oralia Carrillo Romero
Coordinación Editorial SciELO-México

[Roberta Takenaka]

Son 2 XML totalmente distintos para destinos distintos.

Las herramientas para generarlos también son distintas.

Para PMC, la herramienta es xpm (xml package maker, con indicación de generar para PMC)

Para Medline / PubMed, la herramienta es XML SciELO, que es la documentación que envié a Flor.

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Para ver essa discussão na Web, acesse https://groups.google.com/d/msgid/scielo-xml/cf373b70-0591-434c-a4f8-f94911783438n%40googlegroups.com.

[Oralia Carrillo]

Si, de hecho la documentación que le indicaste a Flor, ya se verificó y se logró obtener el XML con los resúmenes, 
Pero entiendo que la requerimos es la del " xml package maker, con indicación de generar para PMC  "
Por eso seguimos probando.
Gracias

Para ver essa discussão na Web, acesse https://groups.google.com/d/msgid/scielo-xml/CAP3Pabti5hJeGJc6m7QDkyKWvSM%3Dj%2BP94LLiDa7j805KGBqstg%40mail.gmail.com.

[Roberta Takenaka]

Ao executar el programa XML Package Maker, en la ventana en que se selecciona la carpeta, también hay un "check" para generar el paquete PMC.

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[Oralia Carrillo]

Si, ese es el que usamos  y que reportó los errores que describimos antes.
Gracias,

Para ver essa discussão na Web, acesse https://groups.google.com/d/msgid/scielo-xml/CAP3Pabt%3DW1KsOF2kwCVx6MbcCkV5voD%2BT7yGZP%3DZMdiZKk%3D5Og%40mail.gmail.com.