reclassification

[Aleksandra Ignjatovic]

Zdravo svima, ja sam potpuni pocetnik u R-u. Dobro se koristim SPSS i da ne moram da izracunam net reclassification index verovatno ne bih bila ovde. ja sam doktor medicine po zanimanju i nemam predznanja o programiranju. Procitala sam da ovaj NRI mogu da izracunam kroz R, i pocela sam to da proucavam, uglavnom to se racuna preko paketa PredictABEL, koji se oslanja na Hmisc. Ucitala sam podatke, mislim da pravilno zadajem parametre za cOutcome, ali nisam sigurna za predrisk1 i predrisk2, a glavni mi je problem sto ne znam kako da napisem dataframe, to mi prijavljuje gresku. Da li neko ima iskustva sa ovim, pomoc oko ovog problema bi mi jako znaci, hvala unapred svima koji budu razmatrali ovaj moj problem

[mr.stefi]

Ćao, Aleksandra i dobrodošla u grupu!

S obzirom da sve što radiš (i budeš radila) u R-u zavisi od tvojih podataka, praksa je da se uz ovakvo pitanje pošalje:

1) Primer podataka koje imaš, tako da mi možemo da probamo da ih učitamo i vidimo šta ne valja - možda je nešto trivijalno

2) Kod koji si napisala - možda već tu vidimo neku trivijalnu grešku

3) Ono što očekuješ da dobiješ - jel broj? grafik? interval... I šta dobijaš umesto toga što želiš? Koju grešku dobijaš?

PS: ja sam isto lekar, nemam iskustva sa NRI, ali ako mi pošalješ primer podataka i šta ti je cilj, pokušaću da ti pomognem.

Puno pozdrava,

Stefan

2013/3/11 Aleksandra Ignjatovic <aleksandra....@gmail.com>

Zdravo svima, ja sam potpuni pocetnik u R-u. Dobro se koristim SPSS i da ne moram da izracunam net reclassification index verovatno ne bih bila ovde. ja sam doktor medicine po zanimanju i nemam predznanja o programiranju. Procitala sam da ovaj NRI mogu da izracunam kroz R, i pocela sam to da proucavam, uglavnom to se racuna preko paketa PredictABEL, koji se oslanja na Hmisc. Ucitala sam podatke, mislim da pravilno zadajem parametre za cOutcome, ali nisam sigurna za predrisk1 i predrisk2, a glavni mi je problem sto ne znam kako da napisem dataframe, to mi prijavljuje gresku. Da li neko ima iskustva sa ovim, pomoc oko ovog problema bi mi jako znaci, hvala unapred svima koji budu razmatrali ovaj moj problem

--
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "Sav taj R..." group.
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to savtajR+u...@googlegroups.com.
For more options, visit https://groups.google.com/groups/opt_out.
 
 

[Ceca Bojic]

cao Aleksandra,

sad skoro mi je publikovan rad sa NRI u medicinskom casopisu. Po mom iskustvu, za ovo ti R ne treba, vec, posto predpostavljam da imas situaciju sa dva neka dijagnosticka testa ( + zlatni standard), pa nateraj bilo koji softver ( ume i SPSS ) da ti izbaci TP, TN, FP i FN (tj sastojke za senzitivnost i specificnost za dati cutoff) i onda izguglujes formulu za NRI i odradis posao za sec na papiru (ako je jedan cutoff) ili u kratkoj liniji koda, moze i excell, ili, sto da ne, R ;-)

formula ti trazi npr "events reclassified higher", jedan test kaze da postoji 12 True Positive, a drugi kaze da ih je recimo 15- to ti je 3 eventa koje je drugi test reklasifikovao kao higher u odnosu na prvi

pozdrav

Ceca