Ben şu an 32bit te test sertifikası ile imza doğrulamasını yapabiliyorum, ilk olarak cant find config demişti certval-policy-test.xml dosyası eksikti onu ekledim ve şu an sorun çıkarmadan doğruluyor, sizin bahsettiğiniz gerçek sertifikası olan akıllı kartlarda mı bu sorunu veriyor ?. Bir de kütüphane ile birlikte verilen System.Data.SQLite.dll (1.0.82.0) dosya sanırım kendileri değiştirip build yapmışlar. Neden diye sorarsanız
http://system.data.sqlite.org sitesinde yayınlanan kaynak kodlarında SQLiteDateFormats enum tanımlarında
UnixEpochMillis yok, ilk önce kendi kullandığım sqlite dosyasıyla denediğimde gizli olarak UnixEpochMillis değeri bulunamıyor gibi bir hata veriyordu ve ekrana İmza atılmak istenen sertifika geçerli değil hatasını veriyordu, kendi dll'ini kullanınca sorun çözüldü. Ayrıca belirteyim .Net'de Proje özelliklerinde Platform target: x86 özellikle belirtiyorum ve bende imzalarkende doğrularkende sorun çıkarmıyor.
Umarım yardımcı olabilirim.
Kolay gelsin.