La storia ruota intorno al personaggio di Dexter Morgan, all'apparenza un tranquillo e metodico tecnico della polizia scientifica di Miami, in realt un feroce e spietato serial killer, che per agisce seguendo un proprio rigoroso codice: uccidere soltanto criminali che sono sfuggiti alla giustizia.[1] Solo per quanto riguarda la prima stagione, la serie basata sul romanzo La mano sinistra di Dio di Jeff Lindsay. Esistono anche altri libri sul personaggio, sempre dello stesso autore, che seguono per una diversa continuity rispetto alla serie.
Rimasto orfano all'et di tre anni, Dexter viene adottato da Harry Morgan, sergente della polizia di Miami. Dopo aver scoperto che Dexter ha iniziato a uccidere degli animali, Harry capisce che il figlio un sociopatico e un potenziale serial killer; cercando di evitargli un futuro in carcere o sulla sedia elettrica, gli insegna a incanalare i suoi impulsi violenti verso chi "se lo merita", ovvero tutti quei criminali che in un modo o nell'altro sono riusciti a sfuggire alla giustizia. Secondo il codice di Harry, che Dexter segue alla lettera, le sue vittime devono essere esclusivamente assassini, stupratori, pedofili e tutti coloro che potrebbero rivelarsi pericolosi per la societ. Inoltre Harry insegna al figlio a costruirsi una facciata per apparire normale e innocuo agli occhi degli altri e a sfuggire egli stesso alle indagini della polizia.
Una volta cresciuto, l'attrazione per il sangue, che si evince dai "trofei" che preleva alle sue vittime, porta Dexter a diventare un tecnico forense nell'analisi delle tracce ematiche lavorando cos insieme alla sorellastra Debra, diventata agente di polizia come suo padre, presso la polizia di Miami. Come parte del suo progetto di mascheramento, Dexter frequenta Rita, una donna separata con due figli piccoli, Astor e Cody. Sebbene sia un sociopatico, inizialmente incapace di provare genuini sentimenti, in realt ha a suo modo un rapporto di sincera amicizia con amici e colleghi, in particolare con Debra a cui molto legato.
La citt di Miami minacciata dalla presenza de Il Killer del Camion Frigo, un assassino seriale che si accanisce sulle prostitute e che sembra voler comunicare con Dexter tramite le sue scene del crimine. Debra, dopo aver coronato il suo sogno di entrare a far parte della squadra omicidi, inizia a frequentare un medico di nome Rudy che col passare dei giorni si rivela pi interessato a Dexter che alla sorella. Intanto Dexter, dopo che Rita stata nuovamente aggredita dall'ex marito Paul, decide di incastrarlo drogandolo e favorendo in questo modo il suo ritorno in prigione; recuperata la memoria dell'accaduto, Paul ammonisce la donna sulla vera natura di Dexter ma Rita si rifiuta di credergli. In seguito, con il pretesto di chiederla in sposa, Rudy rapisce Debra rivelandole di essere Il Killer del Camion Frigo. Dexter si mette sulle tracce di Rudy perch insospettito da alcuni suoi indizi. I due si incontrano nella casa natale di Dexter e qui Rudy gli rivela di essere in realt Brian Moser, suo fratello biologico: entrambi rimasero traumatizzati in giovane et dall'omicidio della madre, avvenuto davanti ai loro occhi, e per questo motivo sono poi divenuti dei serial killer. Brian chiede al fratello di uccidere Debra insieme per ricongiungersi con lui, ma Dexter si rende conto che la morte della sorella non rientra nel codice di Harry per cui la salva uccidendo il fratello e inscenandone il suicidio.
Dexter non riesce a soddisfare il suo istinto omicida a causa della costante sorveglianza del sergente Doakes e dei rimorsi per l'omicidio del fratello Brian. Intanto la baia di Miami restituisce i resti delle vittime di Dexter: quando la polizia scopre che questi appartengono a criminali sfuggiti alla giustizia, nasce un culto attorno a quello che viene soprannominato Il Macellaio di Bay Harbor. Per indagare sui delitti arriva in citt una task force dell'FBI guidata dall'agente speciale Frank Lundy, che durante le indagini entra presto in sintonia con Debra, aiutandola a dimenticare la traumatica esperienza vissuta con Brian. Intanto sul versante privato Dexter ammette con Rita di aver incastrato il violento ed ex marito di lei, nel frattempo morto in prigione: per nascondere alla donna di aver premeditato la cosa, le fa credere di essere un eroinomane che sta cercando di uscire dal tunnel, finendo cos a frequentare, per non destare sospetti, un programma di disintossicazione. Qui conosce Lila Tournay che si lega a Dexter in modo ossessivo, cosa che ben presto fa nascere una relazione tra i due. Nel contempo Dexter sempre pi ossessionato dall'idea di rintracciare ed eliminare l'uomo che uccise sua madre.
Intanto Doakes, ossessionato dall'idea che il collega di lavoro possa nascondere un segreto, indaga sul suo passato arrivando per questo a farsi sospendere dall'incarico; quindi scompare per indagare meglio su di lui e intrufolandosi a casa sua scopre i vetrini col sangue delle vittime di Dexter. Doakes si reca a Port-au-Prince dove cerca di farli analizzare, ma viene anticipato dagli uomini di Lundy, insospettito dalla latitanza del sergente e dai suoi spostamenti immotivati, che perquisiscono la sua auto rinvenendo i vetrini: Doakes viene dunque sospettato di essere Il Macellaio di Bay Harbor. Il sergente riesce a scappare promettendo a La Guerta di consegnarsi quando riuscir a trovare il vero serial killer, scagionando quindi se stesso. Messosi sulle tracce di Dexter, lo trova mentre sta per caricare sulla sua barca i sacchi contenenti ci che resta dell'uomo che ha ucciso sua madre: Dexter quindi costretto a rapire l'ex collega. Dopo che Doakes accenna ai fatti su suo padre, Dexter scopre che Harry mor in realt suicidandosi, in quanto orripilato dal mostro che lui stesso aveva creato. Sentendosi colpevole per la morte del padre, e comprendendo che l'uccisione di Doakes violerebbe il codice di Harry, Dexter viene man mano convinto da Doakes a costituirsi. Nel mentre Lila, arrabbiata per la decisione di Dexter di interrompere la loro relazione, pedinando l'ex ragazzo incappa nella baracca dov' imprigionato Doakes, venendo in questo modo a conoscenza del segreto di Dexter. Quando per il sergente le rivela i fatti, Lila decide di dare fuoco al luogo per proteggere Dexter, uccidendo il sergente. Il ritrovamento del corpo dell'uomo porta alla chiusura del caso da parte dell'FBI, con Doakes che viene ritenuto da tutti il Macellaio, mentre Lila, fuggita invano oltreoceano, viene infine uccisa da Dexter.
Rita scopre di essere incinta e dice a Dexter che terr il bambino, con o senza il suo aiuto. Lui le chiede di sposarlo e lei accetta. Intanto Dexter, mentre sulle tracce di Freebo, uno spacciatore, uccide senza volere il fratello del procuratore distrettuale Miguel Prado, che confida in Dexter da quando si accorto che questi ha preso il caso particolarmente a cuore. Dexter infine uccide Freebo, ma viene scoperto in flagrante da Prado che sorprendentemente riconoscente e aiuta Dexter a nascondere le prove. Successivamente Miguel scopre che Dexter aveva gi ucciso un criminale che lui non era riuscito a condannare e offre il suo aiuto a Dexter nell'ucciderne altri. I due uomini diventano amici e Dexter gli chiede di essere il suo testimone di nozze. Debra si impegna a guadagnarsi il distintivo da detective e inizia a lavorare con Joey Quinn, un nuovo agente. Investigano insieme su un nuovo serial killer attivo a Miami e chiamato Lo Scorticatore per via del fatto che scuoia vive le sue vittime. Miguel chiede a Dexter di uccidere lui stesso la loro prossima vittima e Dexter accetta. Il giorno seguente l'omicidio Dexter scopre che Miguel ha ucciso una donna, un'avvocatessa innocente, e capisce che l'amico ormai fuori controllo. Intanto Lo Scorticatore, alias George W. King, viene catturato dalla polizia, ma viene rilasciato da Miguel Prado con in cambio la promessa di Dexter di ucciderlo una volta in libert. Allo stesso tempo Dexter decide di uccidere Miguel, facendo passare l'omicidio per uno di quelli de Lo Scorticatore. La notte prima del suo matrimonio Dexter viene catturato proprio da King. Dopo una dura lotta Dexter riesce a liberarsi e a uccidere il serial killer, proprio in tempo per le nozze con Rita.
Harrison, il figlio di Dexter e Rita, nato, sconvolgendo non poco la loro routine. Frank Lundy, oramai in pensione, tornato a sorpresa a Miami per indagare personalmente sul Trinity Killer, un inafferrabile assassino seriale che da circa trent'anni uccide tre vittime in serie, sempre con lo stesso rituale. Debra inizia a lavorare di nascosto al caso insieme a Lundy e ci li porta a riaccendere la loro vecchia relazione, finch qualcuno non spara a entrambi uccidendo lui e ferendo lei. Nel frattempo LaGuerta e Batista hanno iniziato una relazione segreta e, per evitare conseguenze disciplinari, decidono di affrettare i tempi e sposarsi. Da parte sua Dexter riesce a scoprire la vera identit di Trinity: Arthur Mitchell, all'apparenza un tranquillo uomo di mezz'et votato alla moglie, ai figli, alla religione e al volontariato. Dexter inizia a frequentarlo e scopre che l'uomo si costruito negli anni una vita di facciata, poich in realt un uomo molto violento che quando non va a compiere il suo ciclo di tre omicidi terrorizza costantemente la sua famiglia. Debra, sconvolta per la morte di Lundy, decide di proseguire con le indagini su Trinity: dopo varie piste infruttuose, la donna capisce che la persona che ha sparato non pu essere il serial killer. Debra concentra cos le sue attenzioni su Christine Hill, una giornalista che ha da poco iniziato una relazione con Quinn, sospettata perch nei suoi pezzi dimostra di essere a conoscenza di fin troppi particolari sull'omicidio. Nel frattempo Dexter scopre che la serie di omicidi di Arthur non di tre, ma di quattro vittime per volta, riuscendo cos a salvare la potenziale prima vittima della nuova serie. Debra scopre intanto la vera identit di Christine, ovvero la figlia segreta di Mitchell: la ragazza confessa di aver ucciso Lundy per proteggere il padre, suicidandosi poi di fronte ai suoi occhi. Inoltre Debra, che era venuta a conoscenza da Dexter dei tradimenti del padre e aveva quindi iniziato a indagare sulle sue informatrici, scopre che Dexter il fratello di Brian Moser, Il Killer del Camion Frigo. Intanto Dexter rintraccia Arthur, lo cattura e lo uccide, ma quando torna a casa trova Rita morta e il piccolo Harrison che piange disperato in una pozza di sangue.
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