я бы озаботился какой-нибудь волшебной кнопкой "пересобрать все" - for great justice
с кучей ас2 фла-файлов я как-то делал это (кажется, давно было) изнутри flash ide, потом перетащил все это дело на mtasc и стал собирать скриптом. перетаскивать оказалось более трудоемко, чем я ожидал, кстати