Pedro,
Isso significa que um dos objetos na árvore do git está corrompido. Você post partir para várias linhas diferentes para tentar resolver isso, mas vou lhe dar a mais pragmática, dada a sua situação: faça um clone paralelo do repo; remova o diretório .git do seu projeto; copie o .git do seu clone paralelo para o diretório com suas modificações.
Nesse processo você perderá seus stashes e branches locais, mas pelo que entendi da sua descrição do problema, isso não é relevante. Se for, avise que partimos para a resolução mais detalhada.