Opa, trabalho com aplicações que usam muito gráfico a melhor que encontrei até hoje foi a highcharts
www.highcharts.com se não é software comercial é de graça o uso, bem documentada, várias opções para interagir e o melhor é javascript e não flash e pela minha experiencia com ela ótima compatibilidade com os browsers, na aplicação que estou trabalhando agora (
www.meivox.com.br) tem muitos exemplos de pizza, gráfico de linha, histograma e cotação de ações. O pessoal da highcharts atualiza sempre e dão suporte legal a ferramenta
Outra boa
www.zingchart.com é flash e javascript, porém algumas coisas que funcionam em flash não funcionam em js, usei ela por um tempo, a única coisa ruim que a documentação não é muito boa, principalmente as diferenças entre a api de flash e js. Compatibilidade cross browser relativamente boa, suporte também legal, porém demorado.
http://www.jqplot.com/ biblioteca JS com boa compatibilidade, porém mais simples, sem muitas opções de interação com o gráfico (talvez essa seja a melhor pra vc até pq essa é totalmente free)
é isso, abraços,
Rafael Lee