Не е турбо консистентно (ще има завършващи request-и от старата версия които ще виждат новата версия на базата), но не можеш да избягаш от това без да вкараш downtime, бил той и малък (да спреш заявки към уеб-а, да изчакаш всички request-и да се обработят, да пуснеш миграцията и като тя мине да пуснеш новата версия).
Помага да внимаваш всички деплои да са съвместити със старата версия на базата ако искаш да елиминираш и този проблем. Например, ако триеш определена таблица, заедно с функционалността около нея, да го направиш на две стъпки. Първия деплой маха кода, но оставя таблицата. Втория пък е миграция, която затрива таблицата.
HTH