השאלה מה הייתה אמונתו של אהרן בן אשר העסיקה חוקרים החל משנות השישים של המאה ה-19. יש הסבורים שאהרן בן אשר היה קראי ובן למשפחה קראית. בשנת 1957 פורסמה עבודתו של אהרן דותן שבה הוא טען שטענה זו אינה נכונה ובן אשר היה בן למשפחה רבנית. ניתן להתפלמס על עניין זה, אך אין ראיות חותכות לכאן או לכאן. ללא תלות בתשובה לשאלה זו, יצירתו של בן אשר מקובלת על כל היהודים, רבניים וקראים כאחד.