pvalue FDR IncLevel1 IncLevel2 IncLevelDifference in output txt all showed NA
19 views
Skip to first unread message
Changhe Ji
Oct 25, 2024, 11:54:35 AM10/25/24
to rMATS User Group
I hvae one problem. the output of TXT. showed pvalue FDR IncLevel1 IncLevel2 IncLevelDifference all showed NA.
why?
anyone help me?
pvalue
FDR
IncLevel1
IncLevel2
IncLevelDifference
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
pvalue
FDR
IncLevel1
IncLevel2
IncLevelDifference
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
NA
NA
NA,NA,NA,NA
NA,NA,NA,NA
NA
kutsc...@gmail.com
Oct 25, 2024, 1:42:26 PM10/25/24
to rMATS User Group
There are no reads supporting any of the events in that file. The IJC and SJC columns are all 0,0,0,0. All of your reads may have been filtered out for one reason or another. rMATS prints out the counts for the different filters in a section like:
read outcome totals across all BAMs
USED:
NOT_PAIRED:
NOT_NH_1:
NOT_EXPECTED_CIGAR:
NOT_EXPECTED_READ_LENGTH:
NOT_EXPECTED_STRAND:
EXON_NOT_MATCHED_TO_ANNOTATION:
JUNCTION_NOT_MATCHED_TO_ANNOTATION:
CLIPPED:
total:
outcomes by BAM written to: /path/to/*read_outcomes_by_bam.txt
See this post for an example were all the reads were filtered for --readLength: https://github.com/Xinglab/rmats-turbo/issues/95
Also the events would have been filtered out for having no reads unless you ran with --statoff. With --statoff the PValue and FDR columns would not have values even if there were supporting reads
Eric
read outcome totals across all BAMs
USED:
NOT_PAIRED:
NOT_NH_1:
NOT_EXPECTED_CIGAR:
NOT_EXPECTED_READ_LENGTH:
NOT_EXPECTED_STRAND:
EXON_NOT_MATCHED_TO_ANNOTATION:
JUNCTION_NOT_MATCHED_TO_ANNOTATION:
CLIPPED:
total:
outcomes by BAM written to: /path/to/*read_outcomes_by_bam.txt
See this post for an example were all the reads were filtered for --readLength: https://github.com/Xinglab/rmats-turbo/issues/95
Also the events would have been filtered out for having no reads unless you ran with --statoff. With --statoff the PValue and FDR columns would not have values even if there were supporting reads
Eric
Reply all
Reply to author
Forward
0 new messages