Boa noite Rogério!
Outro dia precisei fazer isso num "arquivo problema" aqui, e fiz da seguinte maneira:
Abri cada epub e copie todo o texto no janela do código XHTML. Abri um novo documento em branco no Sigil e, na janela do código XHTML, colei o código que copei antes. Se forem muitos capítulos vai dar um trabalhão, mas funciona.
Pra aproveitar a sua folha de CSS, vá acrescentado os capítulos no primeiro epub que você fez.
Para o TOC, eu faço os navpoints na base do ctrl+c e ctrl+v, aí você só tem que lembrar de trocar os "play order" e o caminho do arquivo que aquele navpoint vai abrir.
O mais fácil seria vc fazer um arquivo "Book" no InDesign e depois Exportar para o Digital
Editions.
Tales Leon de Marco
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