Olá Bruno
O Calibre é um software muito mais voltado ao controle de biblioteca pessoal do que producao de ePUBs (na realidade ele eh um conversor).
Ele tem um conversor interno para de N para N formatos, mas como todo conversor automático, ele tem suas limitações.
O próprio processo que citaste "indesign + sigil" existe porque as editoras ainda fazem primeiro a diagramação do livro em modo para impressão e depois mandam para a produção de ePUB, podes comecar a pensar em um processo que o livro (o livro mesmo, o conteudo em si independente de diagramacao) terah seu start de producao tanto impresso quanto outros formatos ao mesmo tempo.
Assim, eu uso Calibre, quando desenvolvo ePUBS, como um Content Server local (outros preferem colocar no Dropbox e dar sync) e busco via rede LAN (WiFi ou cabeada) os arquivos de forma mais rápida do que no Dropbox pois não depende de conexão externa com a internet.
Um artigo interessante que recomendo leres sobre o calibre:
A mim auxiliou bastante para definir o processo de trabalho e otimizar o tempo de producao.