Olá Rene, é importante que vc especifique a distância máxima que cada eixo pode percorrer no firmware e no software de impressão como o Repetier Host.
Só que apenas configurar os limites na parte virtual do sistema (software) não resolve o problema.
O mais seguro é como vc está fazendo, colocando colocando endstop no ínicio e fim do eixo. Pq colocar endstop no fim do eixo?
Imagine que vc acabou de ligar a impressora e por exemplo a extrusora está posicionada no meio e a mesa também, ai vc resolve usar o controle manual para movimentar os eixos até o final. Sabe o que vai acontecer se vc não tiver o endstop de fim? Vai triturar toda a correia e estragar tua impressora pq a impressora (na hora que vc liga) entende que ela iniciou o trajeto do início do eixo, não no meio.