Сначала ждал, пока что-нибудь ответят из Каспера, а потом уже и забыл... В общем, пишу больше для истории.
Касперы так ничего и не ответили. Видимо, просто поправили что-то в своей эвристике. (А не просто внесли в базу хэши файлов. По крайней мере сейчас на предварительные версии 2.29 не ругается.)
Вероятно, проблема началась в 2.25 - там я перешел использование компилятора от VS 2017, версия 15.6.4 (до этого использовался тулсет от VS 2015). Когда-то на работе была аналогичная проблема, но с какими версиями - не помню.
(Выше я написал, что ругался только на 2.27 и 2.28, но это могло означать, что 2.25 и 2.26 я просто не пробовал, потому что они просуществовали очень недолго - быстро заменились на 2.27. Тогда я, к сожалению, это не записал, а постфактум уже не проверишь.)