Ruby側のログで500エラーの原因がわかった。多分発生から、記録まで2258635.4msの時差があるから、発見困難でした。
なぜかGitのレポジトリに一件6Mも巨大コメントがあり、それをMySQLにのレコードサイズの限界を超えで反応停止?
Completed 500 Internal Server Error in 2258635.4ms
...
ActiveRecord::StatementInvalid (Mysql2::Error: MySQL server has gone away: INSERT INTO `changesets`、...
一旦GitとRedmine 連携のWebhooks停止でこの問題解消できた。
GitとRedmine 連携のため、Gitのコメント修正が必要。
git - rebase - rewordのコメント修正可能らしい。
但しgitのコミットの歴史を改変すると、そのコメントを修正した以降のコミットのハッシュが変わります。
これはいろんなところ影響が出そうだから、慎重に検討して決める予定。