例、
現行が3000番まで発行済みのため、番号を重複させないためRedmineでは4000番から発行
うろ覚えですが、Redmineのissue_id発行はDBのAutoIncrementに頼っていたと思うので、DBのテーブル側を設定してあげればよかったかと思います。
MySQLの場合は下記のようなやり方になります。
http://tweeeety.hateblo.jp/entry/2015/04/28/201956
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