Re: rapidSTORM

[Steve Wolter]

Hi Fabian,

On Mon, Jan 16, 2017 at 7:17 PM Hauser Fabian <Fabian...@fh-linz.at> wrote:

Hallo Steve,

ich hätte noch ein paar Fragen bezüglich der 3D STORM Auswertung bei denen ich noch im Dunklen tappe.

Und zwar bin ich mir nicht sicher wie ich die Intensität berechnen kann.

Ich werdene ja das Gauss Model: f(x,y) = b + p*exp(-(x-cx)^2/(2*sx(z)^2) -(y-cy)^2/(2*sy(z)^2))

• Muss ich jetzt die Intensität mit p die Peak höhe mit 2*pi*sx(z)*sy(z) multiplizieren? (Da ich vergleichsweise sehr keine p bekomme)
  

Die Intensität sollte eigentlich das Integral der PSF sein. Ich bin mir grad nicht sicher, ob die schon in Photonen umgerechnet wurde.

• Muss ich für x und y die positionsgenauigkeit getrennt berechnen?
  

Ich verstehe die Frage nicht ganz? Was wäre die Alternative? 

• Was wäre die Formel für die Positiongenauigkeit in Z?

Ich weiß es nicht. Das müsste mal jemand rausfinden. Wenn du's raus hast, könntest du es bitte hier hinzufügen? https://github.com/stevewolter/rapidSTORM/blob/78e384f8b06c421669d87a22c464f5be28c4a159/guf/LocalizationCreator.cpp#L49 

• Kann ich aus den Kalibierdaten den Depth of Focus berechnen, wenn ja wie?

 Was ist denn deine Definition für den DoF? Der Punkt, wo die PSF doppelt so breit wird? Das sollte man eigentlich ganz gut aus den Kalibrierdaten ablesen können, aber es gibt kein fertiges Modul dafür.

Ich weiß, das hilft alles nicht viel, aber vielleicht ein bisschen :-).

Schönen Gruß, Steve

Ich wäre dir sehr dankbar wenn du mir noch bei diesen Fragen behilflich sein könntest.

Beste Grüße,

Fabian

[Steve Wolter]

Hi Fabian, +Sven,

sorry, so tief beschäftige ich mich nicht mehr damit :-). Am ehesten kann dir vielleicht Sven weiterhelfen, der hat sich als letztes mit 3D-Fitten beschäftigt. Vielleicht kennt er jemanden, der aktiv ist.

Schönen Gruß, Steve

On Wed, Jan 18, 2017 at 2:31 PM Hauser Fabian <Fabian...@fh-linz.at> wrote:

Hallo Steve,

bezüglich Positionsgenauigkeit haben wir eine Näherung. Diese ist aber mit sicherheit nicht so genau wie Mortenson/Thomson berechnungen: PA_z = PA * sqrt(1 + z/DOF)

Darum hätte ich auch nach einer berechnung für DOF gefragt. Ich hätte mich auch schon beschäftigt damit aber nichts richtiges gefunden bzw herausbekommen. Ein weiteres Problem ist der Brechungsindex Missmatch bei der Kalibration.

Anbei habe ich dir einen Ausschnitt aus einer Präsentation gegeben mit den Versuch zur Berechnung. Hättest du Vorschläge zur Berechnung mit berücksichtigung des Berechungindex Missmatch. (Habe bei der Kalibierung ein zu kleines Fitting Fenster gewählt daher sind die Kurven am Ende abgeflacht)

Lg,

Fabian

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Von: Steve Wolter <steve.w...@gmail.com>
Gesendet: Mittwoch, 18. Jänner 2017 09:32
An: Hauser Fabian; rapidstor...@googlegroups.com
Betreff: Re: rapidSTORM