iTextのSetEncryption関数を利用すれば可能です。
c#でのコード例は以下のようになります。
(第4引数のpermissionsには必要に応じた内容を設定してください)
PdfRenderer renderer = new PdfRenderer(...);
renderer.Writer.SetEncryption(true, null, null, PdfWriter.AllowCopy | PdfWriter.AllowScreenReaders | PdfWriter.AllowModifyAnnotations | PdfWriter.AllowFillIn);
表題の件、rapidreportで設定することは可能でしょうか?ご教授の程、よろしくお願い致します。