Re: Posteriori para Anosim

[Marcos Vital]

Oi, Rodrigo!

Tudo tranquilo?

O pessoal já respondeu a pergunta em específico (e eu também acho que usar Bonferroni seja a solução), mas eu queria acrescentar algo: a Anosim tem uma caraterística peculiar, que é fazer um 'rankeamento' dos dados da matriz de similaridade antes de realizar o teste de permutação. Eu sempre achei isto meio esquisito, e se você olhar o help da função no R, pelo vegan, a própria Jari Oksanen, que mantem o pacote, comenta que pode ser meio ruim de interpretar. O bacana é que na mesma documentação ela sugere o uso de outra função do mesmo pacote: adonis. Esta função é bem parecida com a anosim em termos de objetivos, mas a lógica por trás está mais para uma ANOVA por permutações.

Enfim, dê uma espiada nela e compare com a anosim, pois de repente você pode achá-la mais interessante.

Abração

Marcos

Em 24 de junho de 2013 21:04, <r-eco...@googlegroups.com> escreveu:

  Resumo do tópico de hoje

Grupo: http://groups.google.com/group/r-ecologia/topics

• Teste a posteiori para Anosim [4 atualizações]

 Teste a posteiori para Anosim

"Rodrigo A. Carvalho" <rodrigoass...@gmail.com> Jun 24 01:17PM -0300  

Prezados Colegas,
 
estou trabalhando com comunidades de peixes em três diferentes bacias
hidrográficas e gostaria de testar se, do ponto de vista funcional, a
similaridade (ou dissimilaridade) é maior entre as bacias do que dentro.
Pelo que li no R, é possível avaliar os 3 grupos em uma só análise, ao
invés de fazer vários testes par-a-par, contundo, a interpretação é
dificultada pelo fato de não se saber onde está a diferença. Sendo assim,
gostaria de perguntar se - assim como na anova - há algum teste a
posteriori para a Anosim para descobrir entre quais unidades está a
diferença?
 
Desde já agradeço. Atenciosamente,
 
*Rodrigo A. Carvalho*
*Curriculum*: http://lattes.cnpq.br/6131421979501373


 

--
Marcos Vinícius Carneiro Vital
Universidade Federal de Alagoas
Instituto de Ciências Biológicas e da Saúde
Setor de Biodiversidade e Ecologia

[Fernanda Melo Carneiro]

Gente mudando completamente de assunto alguém pode me explicar porque não consigo instalar o pacote PCNM? Fala que é incompatível com a versão mas quando vejo qual versão é compatível é exatamente a que estou.

att.

Fernanda Carneiro

 

---

De: Marcos Vital <marco...@gmail.com>
Para: r-eco...@googlegroups.com
Enviadas: Segunda-feira, 24 de Junho de 2013 21:15
Assunto: [R-Ecology] Re: Posteriori para Anosim

Oi, Rodrigo!

Tudo tranquilo?

O pessoal já respondeu a pergunta em específico (e eu também acho que usar Bonferroni seja a solução), mas eu queria acrescentar algo: a Anosim tem uma caraterística peculiar, que é fazer um 'rankeamento' dos dados da matriz de similaridade antes de realizar o teste de permutação. Eu sempre achei isto meio esquisito, e se você olhar o help da função no R, pelo vegan, a própria Jari Oksanen, que mantem o pacote, comenta que pode ser meio ruim de interpretar. O bacana é que na mesma documentação ela sugere o uso de outra função do mesmo pacote: adonis. Esta função é bem parecida com a anosim em termos de objetivos, mas a lógica por trás está mais para uma ANOVA por permutações.

Enfim, dê uma espiada nela e compare com a anosim, pois de repente você pode achá-la mais interessante.

Abração

Marcos

Em 24 de junho de 2013 21:04, <r-eco...@googlegroups.com> escreveu:

  Resumo do tópico de hoje

Grupo: http://groups.google.com/group/r-ecologia/topics

• Teste a posteiori para Anosim [4 atualizações]

 Teste a posteiori para Anosim

--
Marcos Vinícius Carneiro Vital
Universidade Federal de Alagoas
Instituto de Ciências Biológicas e da Saúde
Setor de Biodiversidade e Ecologia

--
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[Luciano F. Sgarbi]

Qual é a mensagem de erro?

--

Luciano F. Sgarbi

Currículo Lattes
Mestre em Ecologia e Evolução
Dep. Ecologia, Instituto de Ciências Biológicas I

Universidade Federal de Goiás, campus II, Goiânia-GO, Brasil

[Lucena Rocha]

Fernanda, as precisa ter outros pacotes instalados para que consiga Instalar o PCNM, os pacotes exigidos são, MASS

 nlme, maptools, foreign, grid,packfor, vegan. Bom eu acho que são esses, espero que seja isso.

Lucena

Em 9 de julho de 2013 12:01, Fernanda Melo Carneiro <fermel...@yahoo.com.br> escreveu:

[Renato Bolson Dala Corte]

Olá Rodrigo. 

Acho que uma MANOVA (análise de variância multivariada) com permutação seja mais indicada para o seu caso.

Assim como Marcos comentou, tente usar a função adonis do pacote vegan.

http://cran.r-project.org/web/packages/vegan/vegan.pdf

Abraço,

Renato B. Dala Corte.

Renato Bolson Dala Corte
Doutorando PPG - Ecologia/UFRGS
Laboratório de Ecologia de Paisagem 

https://sites.google.com/site/lecopaiufrgs/
Porto Alegre, RS, Brasil

Cel. (51) 84283929

[Walter Dennis]

Ola a todos.

Pessoal,

Já a algum tempo venho buscando uma saída na função adonis() para o teste par a par, no modelo do que acontece no PRIMER. Sem sucesso.

Em uma de minhas buscas encontrei um fórum em que Jari Oksanen diz: 

"There are no post hoc test for adonis(). The tests in adonis() are based on permutation, and implementing post hoc tests needs some work."

http://r-forge.r-project.org/forum/forum.php?thread_id=1009&forum_id=194

Gostaria de saber se alguém sabe como contornar essa limitação da adonis().

Tenho tentado migrar do PRIMER para o R nas análises multivariadas.

Em algumas funções não tenho dificuldades, para outras encontrei algumas dificuldades.

Obrigado pela atenção.

[Nicholas Marino]

Walter,

a função adonis() não é ANOSIM, mas uma PERMANOVA. Acho que li uma vez que uma das formas de testar a comparação par-a-par para a PERMANOVA é codificar as comparações que você precisa e rodar uma a uma.

abraços.

[André Luís Luza]

Olá. 

Há uma maneira de atribuir uma matriz de contrastes como na análise de variância, nos argumentos = adonis (formula, contr.unordered ou contr.ordered = ""). Podes montar uma matriz de contrastes como na anova e fazer comparações par a par.

André

--
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Para ver essa discussão na Web, acesse https://groups.google.com/d/msgid/r-ecologia/CABZMcvs3hJ_UQM4Mw%3DnCg4GSmZ_6SHh0OB4gp50y6tUmcgd%2Bhw%40mail.gmail.com.

Para mais opções, acesse https://groups.google.com/d/optout.

[Adriano S. Melo]

Walter,

Você pode fazer comparações par-a-par, mas teria que corrigir o p com Bonferroni ou algo do tipo pois está gerando vários valores de p.

Geralmente pensamos em testes a posteriori. Existem os testes a priori. Nestes, pode-se fazer apenas as comparações entre pares ou grupos (possível com os contrastes sugeridos pelo André) que façam sentido segundo uma ou mais hipóteses. Testes a priori não são coisas do tipo vou testar tudo para "ver se acho algo significativo". A rigor, são comparações planejadas "a priori", antes de fazer o trabalho. 

Pode-se pensar em corrigir os valores de p, mas visto que o número de comparações é menor, a porrada do Bonferroni não será tão forte. Já vi em algum artigo/livro em que não era tão critico corrigir o p nestes casos de comparações planejadas.

Visto que não é comum as pessoas terem hipóteses claras e nem mesmo planejar o estudo, não é muito comum ver estes testes a priori na literatura.

abraços,

Adriano

Ecologia - UFG

Para ver essa discussão na Web, acesse https://groups.google.com/d/msgid/r-ecologia/CADLPOyqsWHBbhdF3QQ4VKNnEyyFiGh%3DNOnBdvJbcFt5AihB2yA%40mail.gmail.com.

[Walter Dennis]

Oi pessoal.

Obrigado a todos pelas respostas.

Nícolas,

Foi isso que pensei, usar uma entrada e definir os pares a serem testados, repetindo o teste para cada par.

Os resultados que obtive foram diferentes daqueles feitos no PRIMER (softwere que tenho mais experiência para essa função). Por isso não estou seguro de que essa seja a melhor forma.

André,

Confesso que encontrei esses argumentos algumas vezes, em minhas buscas, mas não compreendi o que ou como usar na função adonis(). Vou tentar ler mais a respeito para entender melhor.

Adriano,

Pensei em usar testes a priori. tenho minhas hipóteses e poderia testá-las. Mas como vc falou, esse método não é usual.

Conversei com algumas pessoas (inclusive possíveis membros de minha banca) e o que me foi indicado: Não perca tempo tentando usar o R, já que vc conhece essa rotina no PRIMER.

Bom,

Vou ler mais sobre as opções que vcs indicaram.

Já adianto o agradecimento pela valiosa ajuda.

Darei notícias sobre a continuidade da minha "saga" pra largar, de vez, o PRIMER.

Abraços a todos

Walter Dennis