Configuração da biblioteca do R no Linux

[Denis Silva Nogueira]

Olá pessoal,

Gostaria de mudar definitivamente o diretório dos pacotes do R para uma pasta no meu disco de dados. Isso é necessário devido a limitações de memória na partição do kubuntu. Tive êxito ao fazer isso usando a função .libPaths("dir"), mas o problema é que tenho que reconfigurar o caminho toda vez que fecho o R ou RStudio. Alguém sabe como solucionar esse problema definitivamente no ubuntu? 

Minhas configurações de sistema são:

Intel(R) Core(TM) i7-2620M CPU @ 2.70GHz, rodando ubuntu KDE 14.04 numa partição de disco de 30 G. 

Qualquer ajuda é bem vinda.

Desde já agradeço.

Att,

Denis.

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Denis S. Nogueira
PPG Ecologia e Evolução

Instituto de Ciências Biológicas
Universidade Federal de Goiás
Fone: 062 3521 1273
Cel.: 062 8194-4548 ou 066 9202 4325

e-mail: dnogue...@gmail.com  dnogue...@yahoo.com.br

[Luciano F. Sgarbi]

Denis,

talvez isso ajude:

http://stackoverflow.com/questions/15170399/changing-r-default-library-path-using-libpaths-in-rprofile-site-fails-to-work

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Envie um código mínimo reproduzível.
Envie ou responda perguntas no e-mail (r-eco...@googlegroups.com)
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Você recebeu essa mensagem porque está inscrito no grupo "R-Ecology" dos Grupos do Google.
Para cancelar inscrição nesse grupo e parar de receber e-mails dele, envie um e-mail para r-ecologia+...@googlegroups.com.
Acesse esse grupo em http://groups.google.com/group/r-ecologia.
Para mais opções, acesse https://groups.google.com/d/optout.

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Luciano F. Sgarbi

Currículo Lattes

Laboratório de Ecologia Teórica e Síntese
Departamento de Ecologia, Instituto de Ciências Biológicas V.

Universidade Federal de Goiás, campus II, Goiânia-GO, Brasil

[Fernando Mayer]

Você deve setar a variável de ambiente R_LIBS no arquivo ~/.Renviron. Por exemplo, no meu .Renviron eu tenho isso:

R_LIBS=~/R_environment/my_library

onde R_environment e my_library são diretórios que criei no meu HOME e onde instalo todos os pacotes adicionais (fora os base...) do R.

Com isso, meu .libPaths() sempre retorna

> .libPaths() 

[1] "/home/fpmayer/R_environment/my_library"

[2] "/usr/local/lib64/R/library"

Na função padrão de instalação de pacotes do R, a install.packages(), se você não especificar o argumento lib=, por padrão os novos pacotes serão instalados no diretório da posição 1 do seu .libPaths(), nesse caso sempre no seu diretório pessoal.

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Fernando de Pol Mayer
Laboratório de Estatística Ambiental - LEA
Instituto de Matemática, Estatística e Física - IMEF
Universidade Federal do Rio Grande - FURG
URL: http://fernandomayer.github.io
e-mail: fernando.mayer [@] {gmail.com, furg.br}