Rasterizar ecoregiões e extração de variáveis

[André Luís Luza]

Bom dia,

 pretendo obter uma matriz de dissimilaridade ambiental entre as 814 ecoregiões da WWF com base em algumas variáveis do worldclim. As ecoregiões são polígonos e as variáveis do worldclim são raster, então tenho que colocar os dois dados na mesma resolução pra extrair valores e então ter a matriz de ecoregiões x variáveis. 

Para isto estou criando um raster vazio com a resolução de uma das variáveis do worldclim e então utilizando a função rasterize para colocar as ecoregiões em uma mesma resolução. Isto está correto?

Segue o código que estou usando.

empty<-raster (resolution = c(1, 1))

extent (empty)<-extent (npp) ## npp= var worldclim

projection (empty)<-projection (ecor) # ecor = ecoregiões

test1<-rasterize (ecor,empty,field="ECO_CODE",mask=T)

Então o resultado é um Rasterlayer sem valores, como no empty

> test1

class       : RasterLayer 

dimensions  : 180, 360, 64800  (nrow, ncol, ncell)

resolution  : 1, 1  (x, y)

extent      : -180, 180, -90, 90  (xmin, xmax, ymin, ymax)

coord. ref. : +proj=longlat +ellps=WGS84 

data source : in memory

names       : layer 

values      : NA, NA  (min, max)

Então faço um rasterstack com as ecoregiões rasterizadas:

> test2<-stack (test1,npp)

> test2

class       : RasterStack 

dimensions  : 180, 360, 64800, 2  (nrow, ncol, ncell, nlayers)

resolution  : 1, 1  (x, y)

extent      : -180, 180, -90, 90  (xmin, xmax, ymin, ymax)

coord. ref. : +proj=longlat +ellps=WGS84 

names       : layer,    sta 

min values  :     ?, -0.014 

max values  :     ?,  1.321 

se peço as.data.frame (test2) ele dá os valores de npp para algumas células e não para cada ecoregião como quero.

sta	layer
1	NA	NA
2	NA	NA
3	NA	NA
4	NA	NA
5	NA	NA
6	NA	NA
7	NA	NA
8	NA	NA
9	NA	NA
10	NA	NA
11	NA	NA
12	NA	NA
13	NA	NA
14	NA	NA
15	NA	NA # lá pela célula 10000 tem valores

Alguém poderia me ajudar com isto ou indicar algum material? Estou migrando há dias por vários blogs do R mas ainda n tenho sucesso.

Obrigado.

André Luís Luza

[vas...@gmail.com]

Olá andré,

Nao se se lhe ajuda. Eu tinha uma ideia parecida com a sua. Mas eu iria selecionar pontos ( coordenadas) dentro das ecorregiões e daí pegar características ambientais dessas coordenadas. 

Talvez seja mais rápido e lhe ajude.

Enviado do meu iPhone

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[Bruno Vilela]

Oi André, 

Eu acho que o que você precisa não é 'rasterizar' o polígono e sim extrair os valores ambientais direto com a função extract(), do pacote raster. Daí, você poderá fazer sua matriz de dissimilaridade.

Abraço


Bruno Vilela

http://bvilela.weebly.com/

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From: vas...@gmail.com
Subject: Re: [R-Ecologia] Rasterizar ecoregiões e extração de variáveis
Date: Thu, 23 Jul 2015 10:56:51 -0300
To: r-eco...@googlegroups.com

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[André Luís Luza]

Isso mesmo!! Só achei elevado o número de NA. Pra um grande número de ecoregiões parece não haver informações.

Obrigado galera!!!