Hola,
Te comento que para estos casos se usa link table o concatenar. En mi experiencia siempre funciona más concatenar.
Sobre el punto uno y dos, los campos vacíos se registran como nulos, y no afectan los cálculos finales. Qlikview está pensado para trabajar con nulos (fíjate en la referencia que copio al final).
Sobre el punto tres, no hace falta el join, está resuelto con la concatenación. Al seleccionar el medicamento A en la aplicación de usuario, también seleccionas todas las Pruebas Radiológicas que fueron hechas por los clientes que consumieron el medicamento A.
La ventaja de la concatenación es la simpleza y mejor performance. La desventaja es que ocupa más espacio en memoria.
Si buscas el tema en https://community.qlik.com , los comentarios son a favor de concatenar, más que linktable.
Copio algunos link
https://community.qlik.com/blogs/qlikviewdesignblog/2013/05/17/concatenate-vs-link-table
https://community.qlik.com/blogs/qlikviewdesignblog/2012/10/26/mixed-granularity
https://community.qlik.com/blogs/qlikviewdesignblog/2012/09/12/to-join-or-not-to-join#comment-5658
Sobre manejo de nulos en qlikview
https://community.qlik.com/docs/DOC-3155
Sobre link table. Fíjate en las referencias al final de la nota
http://qlikviewapuntes.blogspot.com.ar/2013/12/creacion-link-table.html
espero te sirva
suerte