Interpreting g-test results

13 views
Skip to first unread message

sterling....@gmail.com

unread,
Jul 9, 2020, 11:57:01 AM7/9/20
to Qiime 1 Forum
Hello, 

I ran my first g-test and afraid that I did something wrong. I am a little confused why it says nan under test-statistic. Could someone help me interpret my results? I just copied and pasted the first 7 lines below. 

OTU Test-Statistic P FDR_P Bonferroni_P UV_bleach_mean taxonomy
1408281 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Elusimicrobia; c__Endomicrobia; o__Endomicrobiales; f__Endomicrobiaceae; g__Endomicrobium; s__Endomicrobium proavitum
310300 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Bacteroidetes; c__Bacteroidia; o__Bacteroidales; f__Bacteroidaceae; g__Bacteroides; s__Bacteroides pyogenes
294710 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Bacteroidetes; c__Bacteroidia; o__Bacteroidales; f__Dysgonamonadaceae; g__Proteiniphilum; s__Proteiniphilum acetatigenes
1642647 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Bacteroidetes; c__Bacteroidia; o__Bacteroidales; f__Dysgonamonadaceae; g__Proteiniphilum; s__Proteiniphilum saccharofermentans
1642646 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Bacteroidetes; c__Bacteroidia; o__Bacteroidales; f__Porphyromonadaceae; g__Petrimonas; s__Petrimonas mucosa
41976 nan nan 1.0 nan 4966.66666667 d__Bacteria; p__Bacteroidetes; c__Bacteroidia; o__Bacteroidales; f__Porphyromonadaceae; g__Porphyromonas; s__Porphyromonas catoniae
837 nan nan 1.0 nan 841.0 d__Bacteria; p__Bacteroidetes; c__Bacteroidia; o__Bacteroidales; f__Porphyromonadaceae; g__Porphyromonas; s__Porphyromonas gingivalis
997829 nan nan 1.0 nan 3158.16666667 d__Bacteria; p__Bacteroidetes; c__Bacteroidia; o__Bacteroidales; f__Porphyromonadaceae; g__Porphyromonas; s__Porphyromonas sp. KLE 1280
712437 nan nan 1.0 nan 938.833333333 d__Bacteria; p__Bacteroidetes; c__Bacteroidia; o__Bacteroidales; f__Porphyromonadaceae; g__Porphyromonas; s__Porphyromonas sp. oral taxon 278
28126 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Bacteroidetes; c__Bacteroidia; o__Bacteroidales; f__Prevotellaceae; g__Prevotella; s__Prevotella buccae
28131 nan nan 1.0 nan 1946.83333333 d__Bacteria; p__Bacteroidetes; c__Bacteroidia; o__Bacteroidales; f__Prevotellaceae; g__Prevotella; s__Prevotella intermedia
840 nan nan 1.0 nan 902.666666667 d__Bacteria; p__Bacteroidetes; c__Bacteroidia; o__Bacteroidales; f__Prevotellaceae; g__Prevotella; s__Prevotella loescheii
189723 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Bacteroidetes; c__Bacteroidia; o__Bacteroidales; f__Prevotellaceae; g__Prevotella; s__Prevotella micans
633701 nan nan 1.0 nan 2313.5 d__Bacteria; p__Bacteroidetes; c__Bacteroidia; o__Bacteroidales; f__Prevotellaceae; g__Prevotella; s__Prevotella saccharolytica
652721 nan nan 1.0 nan 831.666666667 d__Bacteria; p__Bacteroidetes; c__Bacteroidia; o__Bacteroidales; f__Prevotellaceae; g__Prevotella; s__Prevotella sp. oral taxon 317
655809 nan nan 1.0 nan 10029.6666667 d__Bacteria; p__Bacteroidetes; c__Bacteroidia; o__Bacteroidales; f__Prevotellaceae; g__Prevotella; s__Prevotella sp. oral taxon 472
28112 nan nan 1.0 nan 14856.3333333 d__Bacteria; p__Bacteroidetes; c__Bacteroidia; o__Bacteroidales; f__Tannerellaceae; g__Tannerella; s__Tannerella forsythia
555313 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Bacteroidetes; c__Bacteroidia; o__Bacteroidales; g__Phocaeicola; s__Phocaeicola abscessus
45242 nan nan 1.0 nan 20430.8333333 d__Bacteria; p__Bacteroidetes; c__Flavobacteriia; o__Flavobacteriales; f__Flavobacteriaceae; g__Capnocytophaga; s__Capnocytophaga granulosa
1018 nan nan 1.0 nan 1591.0 d__Bacteria; p__Bacteroidetes; c__Flavobacteriia; o__Flavobacteriales; f__Flavobacteriaceae; g__Capnocytophaga; s__Capnocytophaga ochracea
209053 nan nan 1.0 nan 28841.8333333 d__Bacteria; p__Bacteroidetes; c__Flavobacteriia; o__Flavobacteriales; f__Flavobacteriaceae; g__Capnocytophaga; s__Capnocytophaga sp. ChDC OS43
712212 nan nan 1.0 nan 2967.5 d__Bacteria; p__Bacteroidetes; c__Flavobacteriia; o__Flavobacteriales; f__Flavobacteriaceae; g__Capnocytophaga; s__Capnocytophaga sp. oral taxon 326
706435 nan nan 1.0 nan 8872.66666667 d__Bacteria; p__Bacteroidetes; c__Flavobacteriia; o__Flavobacteriales; f__Flavobacteriaceae; g__Capnocytophaga; s__Capnocytophaga sp. oral taxon 329
712213 nan nan 1.0 nan 1008.33333333 d__Bacteria; p__Bacteroidetes; c__Flavobacteriia; o__Flavobacteriales; f__Flavobacteriaceae; g__Capnocytophaga; s__Capnocytophaga sp. oral taxon 332
710239 nan nan 1.0 nan 3305.66666667 d__Bacteria; p__Bacteroidetes; c__Flavobacteriia; o__Flavobacteriales; f__Flavobacteriaceae; g__Capnocytophaga; s__Capnocytophaga sp. oral taxon 338
1227265 nan nan 1.0 nan 4266.16666667 d__Bacteria; p__Bacteroidetes; c__Flavobacteriia; o__Flavobacteriales; f__Flavobacteriaceae; g__Capnocytophaga; s__Capnocytophaga sp. oral taxon 863
652708 nan nan 1.0 nan 26936.5 d__Bacteria; p__Bacteroidetes; s__Bacteroidetes oral taxon 274
1583098 nan nan 1.0 nan 18472.8333333 d__Bacteria; p__Fusobacteria; c__Fusobacteriia; o__Fusobacteriales; f__Fusobacteriaceae; g__Fusobacterium; s__Fusobacterium hwasookii
851 nan nan 1.0 nan 7969.83333333 d__Bacteria; p__Fusobacteria; c__Fusobacteriia; o__Fusobacteriales; f__Fusobacteriaceae; g__Fusobacterium; s__Fusobacterium nucleatum
860 nan nan 1.0 nan 2368.0 d__Bacteria; p__Fusobacteria; c__Fusobacteriia; o__Fusobacteriales; f__Fusobacteriaceae; g__Fusobacterium; s__Fusobacterium periodonticum
40542 nan nan 1.0 nan 2288.66666667 d__Bacteria; p__Fusobacteria; c__Fusobacteriia; o__Fusobacteriales; f__Leptotrichiaceae; g__Leptotrichia; s__Leptotrichia buccalis
157692 nan nan 1.0 nan 1451.33333333 d__Bacteria; p__Fusobacteria; c__Fusobacteriia; o__Fusobacteriales; f__Leptotrichiaceae; g__Leptotrichia; s__Leptotrichia goodfellowii
157688 nan nan 1.0 nan 824.5 d__Bacteria; p__Fusobacteria; c__Fusobacteriia; o__Fusobacteriales; f__Leptotrichiaceae; g__Leptotrichia; s__Leptotrichia hofstadii
712357 nan nan 1.0 nan 34073.5 d__Bacteria; p__Fusobacteria; c__Fusobacteriia; o__Fusobacteriales; f__Leptotrichiaceae; g__Leptotrichia; s__Leptotrichia sp. oral taxon 212
712359 nan nan 1.0 nan 1843.0 d__Bacteria; p__Fusobacteria; c__Fusobacteriia; o__Fusobacteriales; f__Leptotrichiaceae; g__Leptotrichia; s__Leptotrichia sp. oral taxon 215
671213 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Fusobacteria; c__Fusobacteriia; o__Fusobacteriales; f__Leptotrichiaceae; g__Leptotrichia; s__Leptotrichia sp. oral taxon 225
1227267 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Fusobacteria; c__Fusobacteriia; o__Fusobacteriales; f__Leptotrichiaceae; g__Leptotrichia; s__Leptotrichia sp. oral taxon 879
47671 nan nan 1.0 nan 169839.833333 d__Bacteria; p__Proteobacteria; c__Betaproteobacteria; o__Burkholderiales; f__Burkholderiaceae; g__Lautropia; s__Lautropia mirabilis
179636 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Proteobacteria; c__Betaproteobacteria; o__Burkholderiales; f__Comamonadaceae; g__Alicycliphilus; s__Alicycliphilus denitrificans
1082851 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Proteobacteria; c__Betaproteobacteria; o__Burkholderiales; f__Comamonadaceae; g__Comamonas; s__Comamonas serinivorans
285 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Proteobacteria; c__Betaproteobacteria; o__Burkholderiales; f__Comamonadaceae; g__Comamonas; s__Comamonas testosteroni
1842537 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Proteobacteria; c__Betaproteobacteria; o__Burkholderiales; f__Comamonadaceae; g__Hydrogenophaga; s__Hydrogenophaga sp. RAC07
1658672 nan nan 1.0 nan 99374.0 d__Bacteria; p__Proteobacteria; c__Betaproteobacteria; o__Burkholderiales; f__Comamonadaceae; g__Ottowia; s__Ottowia sp. oral taxon 894
296591 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Proteobacteria; c__Betaproteobacteria; o__Burkholderiales; f__Comamonadaceae; g__Polaromonas; s__Polaromonas sp. JS666
1458426 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Proteobacteria; c__Betaproteobacteria; o__Burkholderiales; f__Comamonadaceae; g__Serpentinomonas; s__Serpentinomonas mccroryi
1458425 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Proteobacteria; c__Betaproteobacteria; o__Burkholderiales; f__Comamonadaceae; g__Serpentinomonas; s__Serpentinomonas raichei
539 nan nan 1.0 nan 21459.6666667 d__Bacteria; p__Proteobacteria; c__Betaproteobacteria; o__Neisseriales; f__Neisseriaceae; g__Eikenella; s__Eikenella corrodens
502 nan nan 1.0 nan 5400.5 d__Bacteria; p__Proteobacteria; c__Betaproteobacteria; o__Neisseriales; f__Neisseriaceae; g__Kingella; s__Kingella denitrificans
1056807 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Proteobacteria; c__Betaproteobacteria; o__Neisseriales; f__Neisseriaceae; g__Morococcus; s__Morococcus cerebrosus
267212 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Proteobacteria; c__Betaproteobacteria; o__Neisseriales; f__Neisseriaceae; g__Neisseria; s__Neisseria bacilliformis
495 nan nan 1.0 nan 18852.5 d__Bacteria; p__Proteobacteria; c__Betaproteobacteria; o__Neisseriales; f__Neisseriaceae; g__Neisseria; s__Neisseria elongata
485 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Proteobacteria; c__Betaproteobacteria; o__Neisseriales; f__Neisseriaceae; g__Neisseria; s__Neisseria gonorrhoeae
487 nan nan 1.0 nan 13339.3333333 d__Bacteria; p__Proteobacteria; c__Betaproteobacteria; o__Neisseriales; f__Neisseriaceae; g__Neisseria; s__Neisseria meningitidis
490 nan nan 1.0 nan 17958.0 d__Bacteria; p__Proteobacteria; c__Betaproteobacteria; o__Neisseriales; f__Neisseriaceae; g__Neisseria; s__Neisseria sicca
1715052 nan nan 1.0 nan 5150.5 d__Bacteria; p__Proteobacteria; c__Betaproteobacteria; o__Neisseriales; f__Neisseriaceae; g__Neisseria; s__Neisseria sp. HMSC064E01
1739348 nan nan 1.0 nan 1932.66666667 d__Bacteria; p__Proteobacteria; c__Betaproteobacteria; o__Neisseriales; f__Neisseriaceae; g__Neisseria; s__Neisseria sp. HMSC072F04
1715079 nan nan 1.0 nan 2157.66666667 d__Bacteria; p__Proteobacteria; c__Betaproteobacteria; o__Neisseriales; f__Neisseriaceae; g__Neisseria; s__Neisseria sp. HMSC077D05
641148 nan nan 1.0 nan 20239.6666667 d__Bacteria; p__Proteobacteria; c__Betaproteobacteria; o__Neisseriales; f__Neisseriaceae; g__Neisseria; s__Neisseria sp. oral taxon 014
712401 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Proteobacteria; c__Betaproteobacteria; o__Neisseriales; f__Neisseriaceae; g__Neisseria; s__Neisseria sp. oral taxon 020
1904640 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Proteobacteria; c__Betaproteobacteria; s__Betaproteobacteria bacterium GR16-43
53332 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Proteobacteria; c__Deltaproteobacteria; o__Desulfobacterales; f__Desulfobulbaceae; g__Desulfobulbus; s__Desulfobulbus elongatus
894 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Proteobacteria; c__Deltaproteobacteria; o__Desulfobacterales; f__Desulfobulbaceae; g__Desulfobulbus; s__Desulfobulbus propionicus
132132 nan nan 1.0 nan 28761.0 d__Bacteria; p__Proteobacteria; c__Deltaproteobacteria; o__Desulfovibrionales; f__Desulfomicrobiaceae; g__Desulfomicrobium; s__Desulfomicrobium orale
199 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Proteobacteria; c__Epsilonproteobacteria; o__Campylobacterales; f__Campylobacteraceae; g__Campylobacter; s__Campylobacter concisus
200 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Proteobacteria; c__Epsilonproteobacteria; o__Campylobacterales; f__Campylobacteraceae; g__Campylobacter; s__Campylobacter curvus
824 nan nan 1.0 nan 12440.6666667 d__Bacteria; p__Proteobacteria; c__Epsilonproteobacteria; o__Campylobacterales; f__Campylobacteraceae; g__Campylobacter; s__Campylobacter gracilis
2718 nan nan 1.0 nan 16231.1666667 d__Bacteria; p__Proteobacteria; c__Gammaproteobacteria; o__Cardiobacteriales; f__Cardiobacteriaceae; g__Cardiobacterium; s__Cardiobacterium hominis
194702 nan nan 1.0 nan 16153.1666667 d__Bacteria; p__Proteobacteria; c__Gammaproteobacteria; o__Cardiobacteriales; f__Cardiobacteriaceae; g__Cardiobacterium; s__Cardiobacterium valvarum
732 nan nan 1.0 nan 21596.5 d__Bacteria; p__Proteobacteria; c__Gammaproteobacteria; o__Pasteurellales; f__Pasteurellaceae; g__Aggregatibacter; s__Aggregatibacter aphrophilus
739 nan nan 1.0 nan 1473.0 d__Bacteria; p__Proteobacteria; c__Gammaproteobacteria; o__Pasteurellales; f__Pasteurellaceae; g__Aggregatibacter; s__Aggregatibacter segnis
729 nan nan 1.0 nan 1546.83333333 d__Bacteria; p__Proteobacteria; c__Gammaproteobacteria; o__Pasteurellales; f__Pasteurellaceae; g__Haemophilus; s__Haemophilus parainfluenzae
1736406 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Proteobacteria; c__Gammaproteobacteria; o__Xanthomonadales; f__Rhodanobacteraceae; g__Rhodanobacter; s__Rhodanobacter sp. Soil772
265429 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Proteobacteria; c__Gammaproteobacteria; o__Xanthomonadales; f__Xanthomonadaceae; g__Silanimonas; s__Silanimonas lenta
158 nan nan 1.0 nan 13790.1666667 d__Bacteria; p__Spirochaetes; c__Spirochaetia; o__Spirochaetales; f__Spirochaetaceae; g__Treponema; s__Treponema denticola
53418 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Spirochaetes; c__Spirochaetia; o__Spirochaetales; f__Spirochaetaceae; g__Treponema; s__Treponema lecithinolyticum
51160 nan nan 1.0 nan 5331.83333333 d__Bacteria; p__Spirochaetes; c__Spirochaetia; o__Spirochaetales; f__Spirochaetaceae; g__Treponema; s__Treponema maltophilum
221027 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Spirochaetes; c__Spirochaetia; o__Spirochaetales; f__Spirochaetaceae; g__Treponema; s__Treponema putidum
53419 nan nan 1.0 nan 15936.3333333 d__Bacteria; p__Spirochaetes; c__Spirochaetia; o__Spirochaetales; f__Spirochaetaceae; g__Treponema; s__Treponema socranskii
81412 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Synergistetes; c__Synergistia; o__Synergistales; f__Synergistaceae; g__Aminomonas; s__Aminomonas paucivorans
508460 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Synergistetes; c__Synergistia; o__Synergistales; f__Synergistaceae; g__Cloacibacillus; s__Cloacibacillus evryensis
1197717 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Synergistetes; c__Synergistia; o__Synergistales; f__Synergistaceae; g__Cloacibacillus; s__Cloacibacillus porcorum
651822 nan nan 1.0 nan 49619.8333333 d__Bacteria; p__Synergistetes; c__Synergistia; o__Synergistales; f__Synergistaceae; g__Fretibacterium; s__Fretibacterium fastidiosum
428712 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Synergistetes; c__Synergistia; o__Synergistales; f__Synergistaceae; g__Jonquetella; s__Jonquetella anthropi
81462 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Synergistetes; c__Synergistia; o__Synergistales; f__Synergistaceae; g__Thermanaerovibrio; s__Thermanaerovibrio acidaminovorans
712888 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Actinobacteria; c__Actinobacteria; o__Actinomycetales; f__Actinomycetaceae; g__Actinobaculum; s__Actinobaculum sp. oral taxon 183
272548 nan nan 1.0 nan 88655.3333333 d__Bacteria; p__Actinobacteria; c__Actinobacteria; o__Actinomycetales; f__Actinomycetaceae; g__Actinomyces; s__Actinomyces dentalis
52769 nan nan 1.0 nan 5035.66666667 d__Bacteria; p__Actinobacteria; c__Actinobacteria; o__Actinomycetales; f__Actinomycetaceae; g__Actinomyces; s__Actinomyces gerencseriae
1892869 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Actinobacteria; c__Actinobacteria; o__Actinomycetales; f__Actinomycetaceae; g__Actinomyces; s__Actinomyces glycerinitolerans
1659 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Actinobacteria; c__Actinobacteria; o__Actinomycetales; f__Actinomycetaceae; g__Actinomyces; s__Actinomyces israelii
461393 nan nan 1.0 nan 5743.33333333 d__Bacteria; p__Actinobacteria; c__Actinobacteria; o__Actinomycetales; f__Actinomycetaceae; g__Actinomyces; s__Actinomyces massiliensis
1655 nan nan 1.0 nan 15039.8333333 d__Bacteria; p__Actinobacteria; c__Actinobacteria; o__Actinomycetales; f__Actinomycetaceae; g__Actinomyces; s__Actinomyces naeslundii
544580 nan nan 1.0 nan 42523.0 d__Bacteria; p__Actinobacteria; c__Actinobacteria; o__Actinomycetales; f__Actinomycetaceae; g__Actinomyces; s__Actinomyces oris
1720198 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Actinobacteria; c__Actinobacteria; o__Actinomycetales; f__Actinomycetaceae; g__Actinomyces; s__Actinomyces provencensis
111015 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Actinobacteria; c__Actinobacteria; o__Actinomycetales; f__Actinomycetaceae; g__Actinomyces; s__Actinomyces radicidentis
1203556 nan nan 1.0 nan 1597.16666667 d__Bacteria; p__Actinobacteria; c__Actinobacteria; o__Actinomycetales; f__Actinomycetaceae; g__Actinomyces; s__Actinomyces sp. HPA0247
712117 nan nan 1.0 nan 6723.33333333 d__Bacteria; p__Actinobacteria; c__Actinobacteria; o__Actinomycetales; f__Actinomycetaceae; g__Actinomyces; s__Actinomyces sp. oral taxon 170
651609 nan nan 1.0 nan 815.166666667 d__Bacteria; p__Actinobacteria; c__Actinobacteria; o__Actinomycetales; f__Actinomycetaceae; g__Actinomyces; s__Actinomyces sp. oral taxon 180
712122 nan nan 1.0 nan 234864.0 d__Bacteria; p__Actinobacteria; c__Actinobacteria; o__Actinomycetales; f__Actinomycetaceae; g__Actinomyces; s__Actinomyces sp. oral taxon 414
649739 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Actinobacteria; c__Actinobacteria; o__Actinomycetales; f__Actinomycetaceae; g__Actinomyces; s__Actinomyces sp. oral taxon 848
653385 nan nan 1.0 nan 814.666666667 d__Bacteria; p__Actinobacteria; c__Actinobacteria; o__Actinomycetales; f__Actinomycetaceae; g__Actinomyces; s__Actinomyces sp. oral taxon 849
2051 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Actinobacteria; c__Actinobacteria; o__Actinomycetales; f__Actinomycetaceae; g__Mobiluncus; s__Mobiluncus curtisii
181487 nan nan 1.0 nan 7760.66666667 d__Bacteria; p__Actinobacteria; c__Actinobacteria; o__Actinomycetales; f__Actinomycetaceae; g__Schaalia; s__Schaalia cardiffensis
52768 nan nan 1.0 nan 2077.66666667 d__Bacteria; p__Actinobacteria; c__Actinobacteria; o__Actinomycetales; f__Actinomycetaceae; g__Schaalia; s__Schaalia georgiae
52773 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Actinobacteria; c__Actinobacteria; o__Actinomycetales; f__Actinomycetaceae; g__Schaalia; s__Schaalia meyeri
1660 nan nan 1.0 nan 16041.8333333 d__Bacteria; p__Actinobacteria; c__Actinobacteria; o__Actinomycetales; f__Actinomycetaceae; g__Schaalia; s__Schaalia odontolytica
131111 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Actinobacteria; c__Actinobacteria; o__Actinomycetales; f__Actinomycetaceae; g__Schaalia; s__Schaalia turicensis
61592 nan nan 1.0 nan 13409.3333333 d__Bacteria; p__Actinobacteria; c__Actinobacteria; o__Corynebacteriales; f__Corynebacteriaceae; g__Corynebacterium; s__Corynebacterium durum
43768 nan nan 1.0 nan 43256.0 d__Bacteria; p__Actinobacteria; c__Actinobacteria; o__Corynebacteriales; f__Corynebacteriaceae; g__Corynebacterium; s__Corynebacterium matruchotii
172042 nan nan 1.0 nan 32397.8333333 d__Bacteria; p__Actinobacteria; c__Actinobacteria; o__Micrococcales; f__Micrococcaceae; g__Rothia; s__Rothia aeria
1744 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Actinobacteria; c__Actinobacteria; o__Propionibacteriales; f__Propionibacteriaceae; g__Propionibacterium; s__Propionibacterium freudenreichii
671222 nan nan 1.0 nan 920.333333333 d__Bacteria; p__Actinobacteria; c__Actinobacteria; o__Propionibacteriales; f__Propionibacteriaceae; g__Propionibacterium; s__Propionibacterium sp. oral taxon 192
1382 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Actinobacteria; c__Coriobacteriia; o__Coriobacteriales; f__Atopobiaceae; g__Atopobium; s__Atopobium parvulum
133926 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Actinobacteria; c__Coriobacteriia; o__Coriobacteriales; f__Atopobiaceae; g__Olsenella; s__Olsenella uli
1797112 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Actinobacteria; c__Coriobacteriia; o__Coriobacteriales; f__Atopobiaceae; g__Olsenella; s__Olsenella sp. kh2p3
712411 nan nan 1.0 nan 203685.5 d__Bacteria; p__Actinobacteria; c__Coriobacteriia; o__Coriobacteriales; f__Atopobiaceae; g__Olsenella; s__Olsenella sp. oral taxon 807
1531429 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Actinobacteria; c__Coriobacteriia; o__Coriobacteriales; f__Coriobacteriaceae; s__Coriobacteriaceae bacterium 68-1-3
84112 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Actinobacteria; c__Coriobacteriia; o__Eggerthellales; f__Eggerthellaceae; g__Eggerthella; s__Eggerthella lenta
1841863 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Actinobacteria; c__Coriobacteriia; o__Eggerthellales; f__Eggerthellaceae; g__Gordonibacter; s__Gordonibacter massiliensis
471189 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Actinobacteria; c__Coriobacteriia; o__Eggerthellales; f__Eggerthellaceae; g__Gordonibacter; s__Gordonibacter pamelaeae
84109 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Actinobacteria; c__Coriobacteriia; o__Eggerthellales; f__Eggerthellaceae; g__Slackia; s__Slackia exigua
1889813 nan nan 1.0 nan 107448.0 d__Bacteria; p__Chloroflexi; c__Anaerolineae; o__Anaerolineales; f__Anaerolineaceae; s__Anaerolineaceae bacterium oral taxon 439
29391 nan nan 1.0 nan 20411.3333333 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Bacilli; o__Bacillales; g__Gemella; s__Gemella morbillorum
46125 nan nan 1.0 nan 8430.83333333 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Bacilli; o__Lactobacillales; f__Aerococcaceae; g__Abiotrophia; s__Abiotrophia defectiva
1581061 nan nan 1.0 nan 17531.1666667 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Bacilli; o__Lactobacillales; f__Aerococcaceae; g__Abiotrophia; s__Abiotrophia sp. HMSC24B09
46124 nan nan 1.0 nan 1227.5 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Bacilli; o__Lactobacillales; f__Carnobacteriaceae; g__Granulicatella; s__Granulicatella adiacens
1328 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Bacilli; o__Lactobacillales; f__Streptococcaceae; g__Streptococcus; s__Streptococcus anginosus
45634 nan nan 1.0 nan 816.833333333 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Bacilli; o__Lactobacillales; f__Streptococcaceae; g__Streptococcus; s__Streptococcus cristatus
1302 nan nan 1.0 nan 12631.1666667 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Bacilli; o__Lactobacillales; f__Streptococcaceae; g__Streptococcus; s__Streptococcus gordonii
28037 nan nan 1.0 nan 2491.16666667 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Bacilli; o__Lactobacillales; f__Streptococcaceae; g__Streptococcus; s__Streptococcus mitis
1303 nan nan 1.0 nan 19563.3333333 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Bacilli; o__Lactobacillales; f__Streptococcaceae; g__Streptococcus; s__Streptococcus oralis
1313 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Bacilli; o__Lactobacillales; f__Streptococcaceae; g__Streptococcus; s__Streptococcus pneumoniae
1305 nan nan 1.0 nan 171927.666667 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Bacilli; o__Lactobacillales; f__Streptococcaceae; g__Streptococcus; s__Streptococcus sanguinis
1776578 nan nan 1.0 nan 9312.66666667 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Bacilli; o__Lactobacillales; f__Streptococcaceae; g__Streptococcus; s__Streptococcus sp. DD04
35517 nan nan 1.0 nan 3872.16666667 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Clostridia; o__Clostridiales; f__Clostridiales Family XIII. Incertae Sedis; s__[Eubacterium] brachy
56774 nan nan 1.0 nan 2251.83333333 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Clostridia; o__Clostridiales; f__Clostridiales Family XIII. Incertae Sedis; s__[Eubacterium] infirmum
51123 nan nan 1.0 nan 10746.8333333 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Clostridia; o__Clostridiales; f__Clostridiales Family XIII. Incertae Sedis; s__[Eubacterium] saphenum
143393 nan nan 1.0 nan 804.666666667 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Clostridia; o__Clostridiales; f__Clostridiales Family XIII. Incertae Sedis; s__[Eubacterium] sulci
109327 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Clostridia; o__Clostridiales; f__Clostridiales Family XIII. Incertae Sedis; g__Anaerovorax; s__Anaerovorax odorimutans
457402 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Clostridia; o__Clostridiales; f__Eubacteriaceae; g__Eubacterium; s__Eubacterium sp. 3_1_31
113287 nan nan 1.0 nan 2760.83333333 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Clostridia; o__Clostridiales; f__Eubacteriaceae; g__Pseudoramibacter; s__Pseudoramibacter alactolyticus
43997 nan nan 1.0 nan 5841.66666667 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Clostridia; o__Clostridiales; f__Lachnospiraceae; g__Catonella; s__Catonella morbi
43995 nan nan 1.0 nan 8789.33333333 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Clostridia; o__Clostridiales; f__Lachnospiraceae; g__Johnsonella; s__Johnsonella ignava
467210 nan nan 1.0 nan 835.333333333 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Clostridia; o__Clostridiales; f__Lachnospiraceae; g__Lachnoanaerobaculum; s__Lachnoanaerobaculum saburreum
936595 nan nan 1.0 nan 833.833333333 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Clostridia; o__Clostridiales; f__Lachnospiraceae; g__Lachnoanaerobaculum; s__Lachnoanaerobaculum sp. OBRC5-5
652706 nan nan 1.0 nan 2196.5 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Clostridia; o__Clostridiales; f__Lachnospiraceae; g__Oribacterium; s__Oribacterium sp. oral taxon 078
712991 nan nan 1.0 nan 8213.66666667 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Clostridia; o__Clostridiales; f__Lachnospiraceae; s__Lachnospiraceae bacterium oral taxon 500
1496 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Clostridia; o__Clostridiales; f__Peptostreptococcaceae; g__Clostridioides; s__Clostridioides difficile
143361 nan nan 1.0 nan 5064.5 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Clostridia; o__Clostridiales; f__Peptostreptococcaceae; g__Filifactor; s__Filifactor alocis
796937 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Clostridia; o__Clostridiales; f__Peptostreptococcaceae; g__Peptoanaerobacter; s__Peptoanaerobacter stomatis
1261 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Clostridia; o__Clostridiales; f__Peptostreptococcaceae; g__Peptostreptococcus; s__Peptostreptococcus anaerobius
1321783 nan nan 1.0 nan 20884.1666667 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Clostridia; o__Clostridiales; f__Peptostreptococcaceae; s__Peptostreptococcaceae bacterium oral taxon 113
1265 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Clostridia; o__Clostridiales; f__Ruminococcaceae; g__Ruminococcus; s__Ruminococcus flavefaciens
31973 nan nan 1.0 nan 3512.5 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Erysipelotrichia; o__Erysipelotrichales; f__Erysipelotrichaceae; g__Eggerthia; s__Eggerthia catenaformis
102148 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Erysipelotrichia; o__Erysipelotrichales; f__Erysipelotrichaceae; g__Solobacterium; s__Solobacterium moorei
82203 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Negativicutes; o__Selenomonadales; f__Selenomonadaceae; g__Centipeda; s__Centipeda periodontii
135083 nan nan 1.0 nan 3117.5 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Negativicutes; o__Selenomonadales; f__Selenomonadaceae; g__Selenomonas; s__Selenomonas noxia
971 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Negativicutes; o__Selenomonadales; f__Selenomonadaceae; g__Selenomonas; s__Selenomonas ruminantium
69823 nan nan 1.0 nan 1737.66666667 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Negativicutes; o__Selenomonadales; f__Selenomonadaceae; g__Selenomonas; s__Selenomonas sputigena
712528 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Negativicutes; o__Selenomonadales; f__Selenomonadaceae; g__Selenomonas; s__Selenomonas sp. oral taxon 126
1321785 nan nan 1.0 nan 4518.16666667 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Negativicutes; o__Selenomonadales; f__Selenomonadaceae; g__Selenomonas; s__Selenomonas sp. oral taxon 892
1884263 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Negativicutes; o__Selenomonadales; f__Selenomonadaceae; g__Selenomonas; s__Selenomonas sp. oral taxon 920
156456 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Negativicutes; o__Veillonellales; f__Veillonellaceae; g__Anaeroglobus; s__Anaeroglobus geminatus
218538 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Negativicutes; o__Veillonellales; f__Veillonellaceae; g__Dialister; s__Dialister invisus
29466 nan nan 1.0 nan 2004.0 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Negativicutes; o__Veillonellales; f__Veillonellaceae; g__Veillonella; s__Veillonella parvula
1852373 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Tissierellia; o__Tissierellales; f__Peptoniphilaceae; g__Murdochiella; s__Murdochiella vaginalis
33033 nan nan 1.0 nan 8533.5 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Tissierellia; o__Tissierellales; f__Peptoniphilaceae; g__Parvimonas; s__Parvimonas micra
1588755 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Tissierellia; o__Tissierellales; f__Peptoniphilaceae; g__Parvimonas; s__Parvimonas sp. KA00067
652713 nan nan 1.0 nan 2279.83333333 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Tissierellia; o__Tissierellales; f__Peptoniphilaceae; g__Peptoniphilus; s__Peptoniphilus sp. oral taxon 386
1476577 nan nan 1.0 nan 14609.5 d__Bacteria; p__Candidatus Saccharibacteria; s__Candidatus Saccharibacteria oral taxon TM7x
1869227 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Bacteria; s__bacterium
1291540 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Archaea; p__Euryarchaeota; c__Thermoplasmata; o__Methanomassiliicoccales; f__Candidatus Methanomethylophilaceae; g__Candidatus Methanomethylophilus; s__Candidatus Methanomethylophilus alvus
1054217 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Archaea; p__Euryarchaeota; c__Thermoplasmata; o__Thermoplasmatales; s__Thermoplasmatales archaeon BRNA1
230361 nan nan 1.0 nan 4003.5 d__Archaea; p__Euryarchaeota; c__Methanobacteria; o__Methanobacteriales; f__Methanobacteriaceae; g__Methanobrevibacter; s__Methanobrevibacter millerae
294671 nan nan 1.0 nan 850.0 d__Archaea; p__Euryarchaeota; c__Methanobacteria; o__Methanobacteriales; f__Methanobacteriaceae; g__Methanobrevibacter; s__Methanobrevibacter olleyae
66851 nan nan 1.0 nan 10894.6666667 d__Archaea; p__Euryarchaeota; c__Methanobacteria; o__Methanobacteriales; f__Methanobacteriaceae; g__Methanobrevibacter; s__Methanobrevibacter oralis
83816 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Archaea; p__Euryarchaeota; c__Methanobacteria; o__Methanobacteriales; f__Methanobacteriaceae; g__Methanobrevibacter; s__Methanobrevibacter ruminantium
2173 nan nan 1.0 nan 1943.0 d__Archaea; p__Euryarchaeota; c__Methanobacteria; o__Methanobacteriales; f__Methanobacteriaceae; g__Methanobrevibacter; s__Methanobrevibacter smithii
190977 nan nan 1.0 nan 0.0 d__Archaea; p__Euryarchaeota; c__Methanobacteria; o__Methanobacteriales; f__Methanobacteriaceae; g__Methanobrevibacter; s__Methanobrevibacter wolinii
1609968 nan nan 1.0 nan 10491.1666667 d__Archaea; p__Euryarchaeota; c__Methanobacteria; o__Methanobacteriales; f__Methanobacteriaceae; g__Methanobrevibacter; s__Methanobrevibacter sp. YE315


Thank you for your help!

Sterling

TonyWalters

unread,
Jul 9, 2020, 12:09:56 PM7/9/20
to Qiime 1 Forum
Hello,

According to this (http://qiime.org/scripts/group_significance.html), the NaN values are due to:

G-test: We check that all the values in the table are non-negative and we check that each sample grouping contains at least one non 0 value. If either condition is not met we return G-stat, pval = (nan, nan) but don’t error.

-Tony

Reply all
Reply to author
Forward
0 new messages